* samtools-0.1.3-9 (r256)
 * fixed a bug in bam_lpileup.c
 * I do not know if this also fixes the bug causing assertion failure in the tview

 * samtools-0.1.3-8 (r251)
 * fixed a bug when there are reads without coordinates

added missing files

improve large file support in compilation

update INSTALL

fixed various issues about the GNU building scripts

 * samtools-0.1.3-7 (r246)
 * incorporated revisions from Nils Homer
 * enhanced support of displaying color-space reads

 * samtools-0.1.3-6 (r244)
 * fixed segfault for unmapped reads

 * samtools-0.1.3-5 (r243)
 * fixed a long existing bug which may cause memory leak
 * check MD
 * consensus calling now works with "=", but indel calling not

 * samtools-0.1.3-4 (r242)
 * fixed a memory leak

 * samtools-0.1.3-3 (r240)
 * generate MD tag
 * generate "=" bases
 * the plain pileup now support "=" bases, but consensus calling and glfgen may fail

 * samtools-0.1.3-2 (r239)
 * fixed bugs in bam_aux.c (these functions nevered used by samtools)
 * removed bam_aux_init()/bam_aux_destroy()
 * added tagview for testing bam_aux

 * samtools-0.1.3-1
 * fixed a bug in pileup: the first read in a chromosome may not be printed

a missing file in Makefile.lite

Release samtools-0.1.3

 * samtools-0.1.2-28
 * make samtools more robust to weird input such as empty file

prepare for release 0.1.3

convert NCBI-BLASTN to SAM

 * samtools-0.1.2-27
 * fixed a small memory leak in tview

 * samtools-0.1.2-26
 * fixed a bug in rmdup when there are unmapped reads

proposed NEWS for the new release (have not yet)

 * samtools.pl-0.1.1
 * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
   on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25

 * samtools-0.1.2-25
 * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
   containing indels

update ChangeLog from "svn log"

 * samtools-0.1.2-24
 * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
 * allow empty header

 * samtools-0.1.2-23
 * recognize '*' at the QUAL field

 * samtools-0.1.2-22
 * the field separater is TAB only, now

 * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate

 * samtools-0.1.2-21
 * fixed a nasty bug in `fixmate'

make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7

 * samtools-0.1.2-20
 * check if file is truncated in flagstat

 * samtools-0.1.2-19
 * print the header if requested

 * samtools-0.1.2-18
 * fixed a minor bug reported by Nils Homer

rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...

 * samtools-0.1.2-17
 * incorporating Nils' changes
 * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)

 * samtools-0.1.2-16
 * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
 * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.

 * soap2sam.pl-0.1.2
 * more robust to truncated soap output

added bam_stat.o to Makefile.lite

 * samtools-0.1.2-15
 * generate RMS of mapQ instead of max mapQ

 * samtools-0.1.2-14
 * implemented GLFv3

 * samtools-0.1.2-13
 * fixed a minor bug in displaying pileup

 * samtools-0.1.2-12
 * optionally print SAM header

 * samtools-0.1.2-11
 * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files

 * samtools-0.1.2-10
 * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
 * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
 * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression

 * wgsim-0.2.3
 * fixed a bug in simulating indels

 * wgsim-0.2.2
 * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
   not like long read names.

 * wgsim-0.2.1
 * fixed a bug about color read coordinates
 * fixed a bug in read names
 * wgsim_eval.pl-0.1.3
 * make the script work with color reads

 * wgsim: added a note

 * wgsim-0.2.0
 * considerable code clean up
 * print number of substitutions/indels/errors on each read
 * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
 * wgsim_eval.pl-0.1.2
 * change in accordant with wgsim

 * samtools-0.1.2-9
 * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks

Fix annoying segv when invalid region specified.

 * move indel_filter.pl to samtools.pl

 * samtools-0.1.2-7
 * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP

 * samtools-0.1.2-7
 * fixed a minor bug in flagstat

 * samtools-0.1.2-6
 * improve indel caller by setting maximum window size

 * output max mapping quality in indel line

fixed a bug in generating tag AM

fixed a potential memory problem in indexing

Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.

 * samtools-0.1.2-3
 * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
 * improve flagstat report a little bit

 * samtools-0.1.2-1
 * added flagstat command

Release SAMtools-0.1.2

Script for filtering indel results

convert ZOOM to SAM

add a script to convert novo alignment to SAM

update documentation and ChangeLog

 * samtools-0.1.1-19
 * fixed a bug in "merge" command line

 * merge from branches/dev/
 * all future development will happen here

 * Merge from branches/dev/
 * all future development will happen here at trunk/

Fix problem with compiling without curses.

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