Generate binary VCF

 * samtools-0.1.8-8 (r644)
 * mpileup becomes a little stable again
 * the method is slightly different, but is more theoretically correct
 * snp calling is O(n^2) instead of O(n^3)

 * fixed a STUPID bug, which cost me a lot of time.
 * I am going to clean up mcns a little bit

supposedly this is THE correct implementation, but more testing is needed

NOT ready yet. Going to make further changes...

 * samtools-0.1.8-7 (r639)
 * fixed the reference allele assignment

 * samtools-0.1.8-6 (r638)
 * skip isnan/isinf in case of float underflow
 * added the flat prior
 * fixed an issue where there are no reads supporting the reference

minor changes

minor tweaks

posterior expectation FINALLY working. I am so tired...

another minor fix to mpileup

added the format column

added an alternative prior

calculate posterior allele frequency

 * samtools-0.1.8-3 (r627)
 * multi-sample snp calling appears to work. More tests needed.

 * preliminary multisample SNP caller.
 * something looks not so right, but it largely works

 * samtools-0.1.8-2 (r617)
 * allele frequency calculation apparently works...

 * added mutli-sample framework. It is not working, yet.
 * improved the mpileup interface

 * samtools-0.1.8-1 (r615)
 * allow to get mpileup at required sites

Release samtools-0.1.8

fixed a compiling issue for Windows

fixed a bug in sorting when output to stdout (by Peter Chines)

change the command line option of pileup

make pileup work with CIGAR with I/D at the beginning or in the end

 * make tview more friendly
 * a temporary remedy for an issue in indel calling

 * samtools-0.1.7-r607
 * improved the genotype accuracy for indels
 * use the SOAPsnp model for SNP calling by default.

removed a debugging example

 * samtools-.1.7-18 (r605)
 * fixed an issue when a deletion and mismatch occur at the same time
   and the base quality is higher than 40 (if -I40).

fixed a minor bug in idxstats

fixed a minor bug in indexing

change printf() to puts in exporting

minor fix. No actual effect.

added Makefile targets to compile shared/dynamic library

 * samtools-0.1.7-17 (r596)
 * also keep the number of coor-less reads in the index file

 * samtools-0.1.7-16 (r595)
 * write additional information to bam index

fixed a bug for unmapped sequences in indexing

rename iterf as iter

 * samtools-0.1.7-15 (r592)
 * fixed a few minor memory leaks in the new pileup code
 * improved the functionality of mpileup

 * samtools-0.1.7-14 (r591)
 * elementary multi-way pileup. More testing and more functionality to be done.

 * samtools-0.1.7-13 (r590)
 * added mpileup APIs. No compiling errors, but not tested at all. It is late.

 * samtools-0.1.7-12 (r589)
 * added iterator-like APIs for pileup

 * samtools-0.1.7-11 (r588)
 * ported a few improvements from tabix back to samtools

 * samtools-0.1.7-10 (r587)
 * added iterator interface for bam_fetch (ported back from tabix)

 * samtools-0.1.7-9 (r586)
 * added "reheader" to replace the BAM header

 * samtools-0.1.7-8 (r585)
 * speed up "view"

 * samtools-0.1.7-7 (r584)
 * ported tabix BGZF to samtools
 * flush BGZF after writing the BAM header and between alignment boundaries

Initial release on behalf of Aylwyn Scally

Added a note about the indels coordinates

Added the possibility to print or not to print the reference allele

More descriptive message for space separated tags

Speedup with -i, no need to query the reference all the time

Fixed the order of sequences in the header

Added possibility to select indels only and fixed a bug in reporting homozygous indels.

Improve the invalid 'BAM\1' magic number error message, and also print it
when no bytes can be read from the alleged BAM file, e.g., in the common
user error case when a SAM file has accidentally been supplied.

Improved efficiency of header parsing

Updated export2sam.pl by Chris Saunders from Illumina.

Fixed filtering of SNPs near indels. Added min indel and SNP quality filter.

Print an error for pileups in simple format

added a hidden option in pileup to output the base position (for Erin)

Added possibility to specify a custom column title for the data column

Added the -d option to limit maximum depth for indels.

Added VCF header

 * samtools-0.1.7-6
 * fixed a bug in faidx

Put the right filename in the error message.

 * samtools-0.1.7-5 (r528)
 * further add new consensus generation strategy

Fixed a bug in knet_seek

Small fix in VCF format: dot for the empty INFO field

Allow tabs in the CO header field

Depend on libbam.a rather than the phony target, so that samtools is not
unnecessarily rebuilt every time.  Also clean bgzip.

Fix a bug in compiling bgzip: this also needs knetfile.o when _USE_KNETFILE
is defined.  Also introduce $(KNETFILE_O) which can be set to empty to
facilitate non-knet builds.

 * samtools-0.1.7-4 (r522)
 * fixed a bug in "view -r"
 * added a new option "view -R" to read required read groups from a file

 * samtools-0.1.7-3 (r521)
 * calmd: optionally mask matching bases as N

 * samtools-0.1.7-2 (r520)
 * fixed a few issues with compilation in Windows (on behalf of John)
 * choose a random base as the consensus (for population genetics studies)

Put libraries at the end, so they can resolve references from libbam.a
as well, even with old-fashioned linkers.

Also use libbam.a explicitly rather than "-L. -lbam" to ensure that we get
the freshly built library, not some other libbam.a lying around the system.

Also clean *.exe (for Cygwin users using this makefile).

Index files should be opened in binary mode, not text mode.

another example program

 * samtools-0.1.7-1 (r515)
 * report an error when .fai contains duplicated names, instead of segfault

Format 'c'-encoded auxiliary fields correctly, as *signed* integers.

Update Makefile.mingw for the same reason

Fixed a bug in compiling razip

Release samtools-0.1.7 (r510)

 * samtools-0.1.6-22 (r509)
 * forget to fix a similar problem in glfgen

 * samtools-0.1.6-21 (r508)
 * fixed a potential bug in the indel caller towards the end of a chromosome

 * samtools-0.1.6-19 (r494)
 * allow to convert Illumina quality (64 based) to the BAM quality

 * samtools-0.1.6-18 (r493)
 * fixed the bugs due to improperly incorporating Petr's header parser
 * a little code clean up in sam_header.c

Added sam_header_line_free call for sam_header_parse2

 * BUGGY VERSION
 * fixed a minor bug

 * BUGGY VERSION
 * improved the interface a bit
 * bug unfixed

 * BUGGY VERSION. Please NOT use it.
 * Fixed a minor bug, but the major bug is still there.

 * This revision is SERIOUSLY BUGGY. Please NOT use it.
 * Start to incorporate header parsing from Petr Danecek

Now possible to merge multiple HeaderDict dictionaries

 * samtools-0.1.6-17 (r484)
 * fixed a memory leak in rmdupse
 * fixed a bug in parsing @RG header lines
 * test rmdup in examples/

 * samtools-0.1.6-16 (r483)
 * unify the interface of rmdup and rmdupse
 * a new bug found in rg2lib(). Have not been fixed yet.

 * samtools-0.1.6-15 (r482)
 * rewrite rmdupse
 * rmdupse is now library aware

 * samtools-0.1.6-14 (r480)
 * rmdup is now RG aware

added a small unitity to parse SRA XML files

 * samtools-0.1.6-13 (r479)
 * merge: optionally use file names as RG tags