Fix a bug in compiling bgzip: this also needs knetfile.o when _USE_KNETFILE

is defined.  Also introduce $(KNETFILE_O) which can be set to empty to
facilitate non-knet builds.

diff --git a/Makefile b/Makefile
index 2a7ab713d3c71a683fe792ca76bd45e865b99b87..59beb573322ef765f3f37ee4eed1375732d78aec 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -1,9 +1,10 @@
 CC=                    gcc
 CFLAGS=                -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
 DFLAGS=                -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
+KNETFILE_O=    knetfile.o
 LOBJS=         bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
-                       bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o knetfile.o     \
-                       bam_sort.o sam_header.o
+                       bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o \
+                       $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o
 AOBJS=         bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
                        bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o     \
                        bamtk.o kaln.o
@@ -38,11 +39,11 @@ libbam.a:$(LOBJS)
 samtools:lib $(AOBJS)
                $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) libbam.a -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz
 
-razip:razip.o razf.o knetfile.o
-               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o knetfile.o -lz
+razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
+               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
 
-bgzip:bgzip.o bgzf.o
-               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -lz
+bgzip:bgzip.o bgzf.o $(KNETFILE_O)
+               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(KNETFILE_O) -lz
 
 razip.o:razf.h
 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h

diff --git a/Makefile.mingw b/Makefile.mingw
index f1ae1be081ee976f9a883defdb64cee1724bb9fc..670c941c5e692408d64ab37e3114bbf9e45193bd 100644 (file)
--- a/Makefile.mingw
+++ b/Makefile.mingw
@@ -2,9 +2,10 @@ CC=                    gcc.exe
 AR=                    ar.exe
 CFLAGS=                -g -Wall -O2
 DFLAGS=                -D_CURSES_LIB=2 -D_USE_KNETFILE
+KNETFILE_O=    knetfile.o
 LOBJS=         bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
                        bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o bam_sort.o \
-                       knetfile.o
+                       $(KNETFILE_O)
 AOBJS=         bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
                        bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o     \
                        bamtk.o kaln.o sam_header.o
@@ -28,11 +29,11 @@ libbam.a:$(LOBJS)
 samtools:lib $(AOBJS)
                $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LIBPATH) -lm -L. -lbam -Lwin32 -lz -lcurses -lws2_32
 
-razip:razip.o razf.o knetfile.o
-               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o knetfile.o -lz
+razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
+               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
 
-bgzip:bgzip.o bgzf.o
-               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -lz
+bgzip:bgzip.o bgzf.o $(KNETFILE_O)
+               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(KNETFILE_O) -lz
 
 razip.o:razf.h
 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h