* samtools-0.1.6-2 (r458)
 * added more interface to faidx (by Nils)
 * updated documentation

 * samtools-0.1.6-2 (r457)
 * get rid of three assert() in bam_sort.c

Return NULL from _razf_open() (and hence razf_open()/razf_open2())
when opening the file fails.

Release samtools-0.1.6

 * samtools-0.1.5-34 (r451)
 * applied the patch by John
 * improved the help message a little bit

 * samtools-0.1.5-33 (r450)
 * fixed a bug in bam_color.c (on behalf of Nils Homer)

 * samtools-0.1.5-32 (r449)
 * fillmd: fixed a bug in modifying MD/NM tags
 * in import, give a warning if the read is aligned but there is no CIGAR.

 * samtools-0.1.5-31 (r448)
 * fixed an issue when the last CIGAR is I or D

 * samtools-0.1.5-30 (r447)
 * fixed a bug in bam_aux_get(): 'A' is not checked

 *

 * samtools-0.1.5-28 (r444)
 * bug in "merge -n"

 * samtools-0.1.5-27 (r443)
 * SEQ and QUAL can be "*"
 * parse CIGAR "=" and "X" as "M"

 * samtools-0.1.5-26 (r442)
 * replace RSA Inc md5.* with ones under permissive lincense
 * fixed a bug in detecting unsorted bam in pileup

Change copyright notices now that MIT has approved open source distribution.

 * samtools-0.1.5-25 (r436)
 * in flagstats, do not report singletons if both ends are unmapped

fixed a SERIOUS bug in setting 0x20 flag

fixed two minor bugs (suggested by Tim M Storm)

 * samtools-0.1.5-24 (r435)
 * fixed a typo

 * samtools-0.1.5-23 (r434)
 * in tview, press 'r' to show read names rather than sequences

 * tried to fixed the buggy FTP random access in Windows. FAILED.
 * anyway, MinGW seems to have problem with "%lld".

 * samtools-0.1.5-22 (r432)
 * faidx: fixed compitability issue with _WIN32
 * razf: fixed potential compitability issue with _WIN32
 * PDCurses support in Windows

replace the GnuWin32 version of libz.a with my own build with MinGW.

add comments

 * samtools-0.1.5-21 (r428)
 * knetfile.c is now compatible with mingw-winsock

simplify MinGW Makefile

 * samtools-0.1.5-20 (r427)
 * MinGW support. At least SAM<->BAM conversion is working. Other
   functionality are not tested at the moment.
 * zlib headers and Windows version of libz.a are included in win32/

 * samtools-0.1.5-19 (r426)
 * fixed a bug caused by recent modifications. Sorry.

compatible with Windows binary files

 * samtools-0.1.5-18 (r423)
 * output additional information in pileup indel lines, for the purepose
   of debugging at the moment
 * in tview, optionally allow to treat reference skip as deletion

convert BLAT psl to SAM.

 * samtools-0.1.5-17 (r422)
 * fixed a but in knetfile.c when seek type is not SEEK_SET
 * write an empty BGZF block to every BGZF file
 * check BGZF EOF marker in bam_header_read()
 * update ChangeLog

 * samtools-0.1.5-16 (r421)
 * in view and pileup, load header from FASTA index if the input is SAM.

do not set "read 1" if reads are not mapped in the PE mode of maq

 * samtools-0.1.5-15 (r419)
 * in sam_open(), return NULL when the file cannot be opened.
 * make wgsim_eval.pl more robust to imperfect SAM
 * add "unique" command to samtools.pl

skip @header lines in SAM

 * samtools-0.1.5-14 (r417)
 * more help in "samtools view" due to the recent changes.

 * samtools-0.1.5-17 (r416)
 * support import/export SAM with string tags

 * samtools-0.1.5-12 (r415)
 * FLAG now can be in HEX

fixed a compiling error (thank Ken for fixing it)

Implemented Boyer-Moore search in the kstring library.

do not include knetfile.h when _USE_KNETFILE is not defined

 * samtools-0.1.5-11 (r408)
 * force to overwirte existing MD if it is different from the one calculated
   from fillmd.
 * bgzf.c: improved the compatibility with Windows headers

 * samtools-0.1.5-10 (r407)
 * implemented bam_aux_del() to remove a tag
 * fillmd: generate the NM tag
 * fillmd: cmd interface improvement

Sorry. The old Makefile is for PDCurses...

 * samtools-0.1.5-9 (r405)
 * improved the compatibility with PDCurses a little bit

 * samtools-0.1.5-8 (r404)
 * compatible with PDCurses

 * samtools-0.1.5-7 (r403)
 * fixed a bug in kseq.h for binary files (text files are fine)

 * samtools-0.1.5-6 (r402)
 * fixed compiling error when "-D_USE_NETFILE" is not applied
 * improve portability to MinGW

 * move bam_lite.c to bam-lite
 * copy bam.h to bam-lite

 * samtools-0.1.5-5 (r395)
 * added bam_pileup_file() and removed bam_lpileup_file()

 * samtools-0.1.5-4 (r394)
 * http_proxy support in knetfile library (check http_proxy ENV)

 * samtools-0.1.5-3 (r393)
 * knetfile now supports HTTP (no proxy at the moment)
 * fixed a potential issue in knetfile on opening ordinary file, although I have
   not seen the sideeffect so far.

Remove the warning in tview

 * samtools-0.1.5-2 (r391)
 * do not show a blank screen when no reads mapped

 * samtools-0.1.5-1 (r390)
 * removed useless _IOLIB in bam.h. This should cause no change at all.
 * added bam_lite.c for light-weight BAM reading

Release samtools-0.1.5c (fixed a bug in piping)

Release samtools-0.1.5b (BUG! so embarrassing!)

Release samtools-0.1.5a (for compatibility with Bio::DB::Sam)

Release samtools-0.1.5

 * samtools-0.1.4-23 (r372)
 * keep header text if "view -t" is used (by Gerton)

update documentation

Introduced LIBPATH variable so this could be overridden to allow samtools to build correct at the Broad.

 * samtools-0.1.4-22 (r369)
 * in pileup, optionally print E2 and U2
 * remove the debugging code in bam_aux_get() (Drat!)

 * samtools-0.1.4-21 (r368)
 * propagate errors rather than exit or complain assertion failure. Assertion
   should be only used for checking internal bugs, but not for external input
   inconsistency. I was just a bit lazy.
 * small memory leak may be present on failure, though

reduce the chance of blocking in FTP connection

minor changes to knetfile: invalid fd equals -1 rather than 0

 * samtools-0.1.4-20 (r365)
 * download the BAM index file if it is not found in the current working directory.

 * samtools-0.1.4-19 (r364)
 * knetfile: report error when the file is not present on FTP

 * samtools-0.1.4-18 (r363)
 * knetfile: do not trigger network communication in FTP seek (lazy seek)
 * bgzf: cache recent blocks (disabled by default)

write changelog

 * samtools-0.1.4-17 (r361)
 * if a file is given on FTP, search locally for the BAM index

 * samtools-0.1.4-16 (r360)
 * report more information in index when the input is not sorted
 * change the behaviour of knet_seek() such that it returns 0 on success
 * support knetfile library in BGZF

fixed bugs in knetfile.*

this is the header file

 * open a file at FTP
 * preliminary version

 * samtools-0.1.4-15 (r354)
 * fixed a memory leak in bam_view1(), although samtools is not using this routine.

 * samtools-0.1.4-13 (r351)
 * make faidx more tolerant to empty lines right before or after > lines
 * hope this does not introduce new bugs...

 * samtools-0.1.4-13 (r350)
 * fixed a small memory leak in pileup, caused by recent modifications

 * samtools-0.1.4-12 (r347)
 * added `-S' to pileup, similar to `view -S'

 * samtools-0.1.4-11 (r346)
 * allow to select a read group at view command-line

added more comments

nothing really

added an example of calculating read depth

 * samtools-0.1.4-10 (r341)
 * only include key APIs in libbam.a
 * move color-specific routines to bam_color.c
 * update documentations
 * remove the support of -q in pileup

 * samtools-0.1.4-9 (r340)
 * added a warning to razf.c if zlib<1.2.2.1
 * fixed a compilation warning
 * fixed a segfault caused by @RG parsing
 * detect NCURSES in bam_tview.c

update INSTALL

 * samtools-0.1.4-8 (r338)
 * parse the @RG header lines and allow to choose library at the "samtools view"
   command line

 * samtools-0.1.4-7 (r337)
 * bgzf.c: support mode string "wu": uncompressed output
 * "samtools view" support "-u" command-line option

 * no changes to samtools itself
 * remove zlib source codes
 * make RAZF reading compatible with old version of zlib
 * on old version of zlib, writing is not available

remove zlib for simplification...

 * samtools-0.1.4-6 (r334)
 * do not export bam_aux_get_core() for Bio::DB::Sam because it has already
   been implemented in that.
 * this version works with the latest Bio::DB::Sam (20090612)

update ChangeLog

fixed minor things in Makefile

 * samtools-0.1.4-5 (r3310
 * no change to samtools itself. Version number is increased to reflect the
   changes in the Makefile building system.

update information...

 * updated novoalign converter by Colin Hercus et al.
 * this version works with indels

 * update Makefile
 * update INSTALL instruction

 * added zlib-1.2.3 as razip requires that
 * prepare to changed back to the Makefile building system
 * unfinished! (will be soon)

Unfinished

 * samtools-0.1.4-4 (r325)
 * further avoid wrong consensus calls in repetitive regions.