]> git.donarmstrong.com Git - samtools.git/commitdiff
skip @header lines in SAM
authorHeng Li <lh3@live.co.uk>
Fri, 24 Jul 2009 13:04:19 +0000 (13:04 +0000)
committerHeng Li <lh3@live.co.uk>
Fri, 24 Jul 2009 13:04:19 +0000 (13:04 +0000)
misc/wgsim_eval.pl

index 99e2ac93b1c73fd37525bc963fcc4959a571cf9f..5339fd4406571b1bd67c8c97918af91c5b8b3ff2 100755 (executable)
@@ -1,7 +1,7 @@
 #!/usr/bin/perl -w
 
 # Contact: lh3
-# Version: 0.1.3
+# Version: 0.1.4
 
 use strict;
 use warnings;
@@ -20,6 +20,7 @@ sub wgsim_eval {
   $flag |= 1 if (defined $opts{p});
   $flag |= 2 if (defined $opts{c});
   while (<>) {
+       next if (/^\@/);
        my @t = split;
        my $line = $_;
        my ($q, $is_correct, $chr, $left, $rght) = (int($t[4]/10), 1, $t[2], $t[3], $t[3]);