* samtools-0.1.9-8 (r809)
 * fixed a bug in the indel caller

minor change to makefile

 * samtools-0.1.9-8 (r807)
 * collect indel candidates only from specified platforms (@RG-PL)
 * merge varFilter and filter4vcf in vcfutils.pl

bcftools: compute equal-tail (Bayesian) credible interval

added a double-hit filter to avoid overestimated indel likelihood

 * samtools-0.1.9-7 (r804)
 * fixed a bug in the gap caller

 * samtools-0.1.9-6 (r803)
 * mpileup: apply homopolymer correction when calculating GL, instead of before
 * bcftools: apply a different prior to indels

 * samtools-0.1.9-5 (r802)
 * relax tandem penalty. this will be made a command-line option in future.

 * samtools-0.1.9-4 (r801)
 * fixed a minor issue in printing indel VCF

fixed another silly bug in mpileup's indel caller

fixed a silly bug in the indel caller

Incorporate patches by Marcel Martin for read counting.

 * samtools-0.1.9-2 (r797)
 * mpileup: indel calling seems to be working

indel calling is apparently working, but more information needs to be collected

fixed a few bugs in the indel caller. Probably there are more.

prepare for the indel caller. It is not ready yet.

Revert to r790. The recent changes are not good...

 * this revision is UNSTABLE

 * indel caller seems working, but it is very insensitive and has
   several things I do not quite understand.

for backup. no effective changes

fixed a minor problem in the example coming with kprobaln.c

Separate kaln and kprobaln as I am preparing further changes. At
present, the results should be identical to the previous.

Added -b option: read file names from a file

 * samtools-0.1.9-2 (r787)

 * Allow to set a maximum per-sample depth to reduce memory. However,
   BAQ computation is still applied to every read. The speed is not
   improved.

 * samtools-0.1.9-1 (r786)
 * samtools: optionally perform exact test for each sample

Optionally output "DP", the individual read depth

acknowledge Petr and John who have greatly contributed to the project.

Release samtools-0.1.9 (r783)

fixed a silly bug in pileup

 * samtools-0.1.8-22 (r781)
 * made BAQ the default behavior of mpileup
 * updated manual
 * in merge, force to exit given inconsistent header when "-R" is not in use.

 * samtools-0.1.8-21 (r780)
 * minor speedup to pileup

improve pileup a little bit

 * samtools-0.1.8-20 (r778)
 * speed up pileup, although I do not know how much is the improvement

 * samtools-0.1.8-19 (r777)
 * integrate mpileup features to pileup: min_baseQ, capQ, prob_realn, paired-only and biased prior

remove local realignment (probabilistic realignment is still there)

Add the relevant filename or region to error messages, and cause a failure
exit status where appropriate.  Based on a patch provided by Marcel Martin.

 * Minor code changes. No real effect.
 * change quality to 30 in toy.sam

added another toy example

improve the LD statistics

 * a minor fix to the -L option
 * add ldstats to vcfutils.pl

a minor change

forget to add the key file

 * vcfutils.pl: fixed a typo in help message
 * added APIs: bcf_append_info() and bcf_cpy()
 * calculate adjacent LD

added filter for samtools/bcftools genetated VCFs

 * removed a comment line in kaln.c
 * vcfutils.pl fillac works when GT is not the first field

Convert VCF output of "bcftools view -bgcv" to a valid VCF file

 * samtools-0.1.8-18 (r763)
 * added bcftools manual page
 * minor fix to mpileup and view command lines

 * vcfutils.pl qstats: calculate marginal ts/tv
 * allow to call genotypes at variant sites

I am changing the gap open probability back to 0.001. It seems that
being conservative here is a good thing...

 * samtools-0.1.8-17 (r760)
 * the default gap open penalty is too small (a typo)
 * added comments on hmm_realn
 * Java implementation

mark samtools-0.1.8-16 (r759)

round to the nearest integer

I was trying to accelerate ka_prob_glocal() as this will be the
bottleneck. After an hour, the only gain is to change division to
multiplication. OK. I will stop.

this is interesting. multiplication is much faster than division, at least on my Mac

minor changes

prob_realn() seems working!

minor

Convert phredQ to probabilities

Implement the glocal HMM; discard the extention HMM

improve numerical stability

more comments

fixed a bug in banded DP

 * fixed that weird issue.
 * the banded version is NOT working

More comments. This version seems working, but something is a little weird...

A little code cleanup. Now the forward and backback algorithms give
nearly identical P(x), which means both are close to the correct
forms. However, I have only tested on toy examples. Minor errors in
the implementation may not be obvious.

...

Abort if merge -h's INH.SAM cannot be opened, just as we abort
if any of the IN#.BAM input files cannot be opened.

Also propagate any error indication returned by bam_merge_core()
to samtools merge's exit status.

Use bam_validate1() to detect garbage records in the event of a corrupt
BAI index file that causes a bam_seek() to an invalid position.  At most
one record (namely, the bam_iter_read terminator) is tested per bam_fetch()
call, so the cost is insignificant in the normal case.

Add bam_validate1().

 * samtools-0.1.8-15 (r379)
 * allow to change capQ parameter in calmd

When bam_read1() returns an error (return value <= -2), propagate that error
to bam_iter_read()'s own return value.  Similarly, also propagate it up to
bam_fetch()'s return value.  Previously bam_fetch() always returned 0, and
callers ignored its return value anyway.  With this change, 0 continues to
indicate success, while <= -2 (which can be written as < 0, as -1 is never
returned) indicates corrupted input.

bam_iter_read() ought also to propagate errors returned by bam_seek().

main_samview() can now print an error message and fail when bam_fetch()
detects that a .bai index file is corrupted or otherwise does not correspond
to the .bam file it is being used with.

0 is a successful return value from bam_read1().  (In practice, it never
returns 0 anyway; but all the other callers treat 0 as successful.)

 * merge files region-by-region. work on small examples but more tests are needed.

improve qstats by checking the alleles as well

convert UCSC SNP SQL dump to VCF

hapmap2vcf convertor

 * added comments
 * VCF->BCF is not possible without knowing the sequence dictionary before hand...

 * put n_smpl to "bcf1_t" to simplify API a little

fixed a bug in indexing

 * fixed a bug in capQ
 * valgrind identifies a use of uninitialised value, but I have not fixed it.

 * fixed a bug in razip: -c will delete the input file
 * copy tabix/bgzip to here

 * samtools-0.1.8-14 (r727)
 * allow to change the capQ parameter at the command line

 * added varFilter to vcfutils.pl
 * reimplement realn(). now it performs a local alignment
 * added cap_mapQ() to cap mapping quality when there are many substitutions

 * convert BCF to QCALL input

dynamic band width in realignment

fixed a bug in realignment

fixed a minor issue

fixed a bug in realignment

minor changes. It is BUGGY now!

 * aggressive gapped aligner is implemented in calmd.
 * distinguish gap_open and gap_end_open in banded alignment
 * make tview accepts alignment with heading and tailing D

Add svn:ignore properties for generated files that don't appear in "make all".

Add svn:ignore properties listing the generated files.
(Except for *.o, which we'll assume is in global-ignores.)

 * samtools-0.1.8-13 (r715)
 * fixed a bug in identifying SM across files
 * bcftools: estimate heterozygosity
 * bcftools: allow to skip sites without reference bases

quite a lot changes to the contrast caller, but I still feel something is missing...

 * changed 3.434 to 4.343 (typo!)
 * fixed a bug in the contrast caller
 * calculate heterozygosity

SNP calling from the GL field

fixed another problem

 * fixed bugs in parsing VCF
 * parser now works with GT/GQ/DP/PL/GL

Do not compile _BCF_QUAD by default

Write the correct ALT and PL in the SNP calling mode.

more commands for my own uses