From 2a424715145dbe431358e686ee2498b231613721 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: On behalf of John Marshall Date: Thu, 10 Dec 2009 14:45:32 +0000 Subject: [PATCH] Fix a bug in compiling bgzip: this also needs knetfile.o when _USE_KNETFILE is defined. Also introduce $(KNETFILE_O) which can be set to empty to facilitate non-knet builds. --- Makefile | 13 +++++++------ Makefile.mingw | 11 ++++++----- 2 files changed, 13 insertions(+), 11 deletions(-) diff --git a/Makefile b/Makefile index 2a7ab71..59beb57 100644 --- a/Makefile +++ b/Makefile @@ -1,9 +1,10 @@ CC= gcc CFLAGS= -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc DFLAGS= -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 +KNETFILE_O= knetfile.o LOBJS= bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \ - bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o knetfile.o \ - bam_sort.o sam_header.o + bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o \ + $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o AOBJS= bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \ bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \ bamtk.o kaln.o @@ -38,11 +39,11 @@ libbam.a:$(LOBJS) samtools:lib $(AOBJS) $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) libbam.a -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz -razip:razip.o razf.o knetfile.o - $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o knetfile.o -lz +razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O) + $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz -bgzip:bgzip.o bgzf.o - $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -lz +bgzip:bgzip.o bgzf.o $(KNETFILE_O) + $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(KNETFILE_O) -lz razip.o:razf.h bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h diff --git a/Makefile.mingw b/Makefile.mingw index f1ae1be..670c941 100644 --- a/Makefile.mingw +++ b/Makefile.mingw @@ -2,9 +2,10 @@ CC= gcc.exe AR= ar.exe CFLAGS= -g -Wall -O2 DFLAGS= -D_CURSES_LIB=2 -D_USE_KNETFILE +KNETFILE_O= knetfile.o LOBJS= bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \ bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o bam_sort.o \ - knetfile.o + $(KNETFILE_O) AOBJS= bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \ bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \ bamtk.o kaln.o sam_header.o @@ -28,11 +29,11 @@ libbam.a:$(LOBJS) samtools:lib $(AOBJS) $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LIBPATH) -lm -L. -lbam -Lwin32 -lz -lcurses -lws2_32 -razip:razip.o razf.o knetfile.o - $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o knetfile.o -lz +razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O) + $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz -bgzip:bgzip.o bgzf.o - $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -lz +bgzip:bgzip.o bgzf.o $(KNETFILE_O) + $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(KNETFILE_O) -lz razip.o:razf.h bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h -- 2.39.2