]> git.donarmstrong.com Git - samtools.git/blob - bamtk.c
Should update POS on unmapped reads in 'samtools depad'
[samtools.git] / bamtk.c
1 #include <stdio.h>
2 #include <unistd.h>
3 #include <assert.h>
4 #include <fcntl.h>
5 #include "bam.h"
6
7 #ifdef _USE_KNETFILE
8 #include "knetfile.h"
9 #endif
10
11 int bam_taf2baf(int argc, char *argv[]);
12 int bam_mpileup(int argc, char *argv[]);
13 int bam_merge(int argc, char *argv[]);
14 int bam_index(int argc, char *argv[]);
15 int bam_sort(int argc, char *argv[]);
16 int bam_tview_main(int argc, char *argv[]);
17 int bam_mating(int argc, char *argv[]);
18 int bam_rmdup(int argc, char *argv[]);
19 int bam_flagstat(int argc, char *argv[]);
20 int bam_fillmd(int argc, char *argv[]);
21 int bam_idxstats(int argc, char *argv[]);
22 int main_samview(int argc, char *argv[]);
23 int main_import(int argc, char *argv[]);
24 int main_reheader(int argc, char *argv[]);
25 int main_cut_target(int argc, char *argv[]);
26 int main_phase(int argc, char *argv[]);
27 int main_cat(int argc, char *argv[]);
28 int main_depth(int argc, char *argv[]);
29 int main_bam2fq(int argc, char *argv[]);
30 int main_pad2unpad(int argc, char *argv[]);
31 int main_bedcov(int argc, char *argv[]);
32 int main_bamshuf(int argc, char *argv[]);
33
34 int faidx_main(int argc, char *argv[]);
35
36 static int usage()
37 {
38         fprintf(stderr, "\n");
39         fprintf(stderr, "Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format)\n");
40         fprintf(stderr, "Version: %s\n\n", BAM_VERSION);
41         fprintf(stderr, "Usage:   samtools <command> [options]\n\n");
42         fprintf(stderr, "Command: view        SAM<->BAM conversion\n");
43         fprintf(stderr, "         sort        sort alignment file\n");
44         fprintf(stderr, "         mpileup     multi-way pileup\n");
45         fprintf(stderr, "         depth       compute the depth\n");
46         fprintf(stderr, "         faidx       index/extract FASTA\n");
47 #if _CURSES_LIB != 0
48         fprintf(stderr, "         tview       text alignment viewer\n");
49 #endif
50         fprintf(stderr, "         index       index alignment\n");
51         fprintf(stderr, "         idxstats    BAM index stats (r595 or later)\n");
52         fprintf(stderr, "         fixmate     fix mate information\n");
53         fprintf(stderr, "         flagstat    simple stats\n");
54         fprintf(stderr, "         calmd       recalculate MD/NM tags and '=' bases\n");
55         fprintf(stderr, "         merge       merge sorted alignments\n");
56         fprintf(stderr, "         rmdup       remove PCR duplicates\n");
57         fprintf(stderr, "         reheader    replace BAM header\n");
58         fprintf(stderr, "         cat         concatenate BAMs\n");
59         fprintf(stderr, "         bedcov      read depth per BED region\n");
60         fprintf(stderr, "         targetcut   cut fosmid regions (for fosmid pool only)\n");
61         fprintf(stderr, "         phase       phase heterozygotes\n");
62         fprintf(stderr, "         bamshuf     shuffle and group alignments by name\n");
63 //      fprintf(stderr, "         depad       convert padded BAM to unpadded BAM\n"); // not stable
64         fprintf(stderr, "\n");
65 #ifdef _WIN32
66         fprintf(stderr, "\
67 Note: The Windows version of SAMtools is mainly designed for read-only\n\
68       operations, such as viewing the alignments and generating the pileup.\n\
69       Binary files generated by the Windows version may be buggy.\n\n");
70 #endif
71         return 1;
72 }
73
74 int main(int argc, char *argv[])
75 {
76 #ifdef _WIN32
77         setmode(fileno(stdout), O_BINARY);
78         setmode(fileno(stdin),  O_BINARY);
79 #ifdef _USE_KNETFILE
80         knet_win32_init();
81 #endif
82 #endif
83         if (argc < 2) return usage();
84         if (strcmp(argv[1], "view") == 0) return main_samview(argc-1, argv+1);
85         else if (strcmp(argv[1], "import") == 0) return main_import(argc-1, argv+1);
86         else if (strcmp(argv[1], "mpileup") == 0) return bam_mpileup(argc-1, argv+1);
87         else if (strcmp(argv[1], "merge") == 0) return bam_merge(argc-1, argv+1);
88         else if (strcmp(argv[1], "sort") == 0) return bam_sort(argc-1, argv+1);
89         else if (strcmp(argv[1], "index") == 0) return bam_index(argc-1, argv+1);
90         else if (strcmp(argv[1], "idxstats") == 0) return bam_idxstats(argc-1, argv+1);
91         else if (strcmp(argv[1], "faidx") == 0) return faidx_main(argc-1, argv+1);
92         else if (strcmp(argv[1], "fixmate") == 0) return bam_mating(argc-1, argv+1);
93         else if (strcmp(argv[1], "rmdup") == 0) return bam_rmdup(argc-1, argv+1);
94         else if (strcmp(argv[1], "flagstat") == 0) return bam_flagstat(argc-1, argv+1);
95         else if (strcmp(argv[1], "calmd") == 0) return bam_fillmd(argc-1, argv+1);
96         else if (strcmp(argv[1], "fillmd") == 0) return bam_fillmd(argc-1, argv+1);
97         else if (strcmp(argv[1], "reheader") == 0) return main_reheader(argc-1, argv+1);
98         else if (strcmp(argv[1], "cat") == 0) return main_cat(argc-1, argv+1);
99         else if (strcmp(argv[1], "targetcut") == 0) return main_cut_target(argc-1, argv+1);
100         else if (strcmp(argv[1], "phase") == 0) return main_phase(argc-1, argv+1);
101         else if (strcmp(argv[1], "depth") == 0) return main_depth(argc-1, argv+1);
102         else if (strcmp(argv[1], "bam2fq") == 0) return main_bam2fq(argc-1, argv+1);
103         else if (strcmp(argv[1], "pad2unpad") == 0) return main_pad2unpad(argc-1, argv+1);
104         else if (strcmp(argv[1], "depad") == 0) return main_pad2unpad(argc-1, argv+1);
105         else if (strcmp(argv[1], "bedcov") == 0) return main_bedcov(argc-1, argv+1);
106         else if (strcmp(argv[1], "bamshuf") == 0) return main_bamshuf(argc-1, argv+1);
107         else if (strcmp(argv[1], "pileup") == 0) {
108                 fprintf(stderr, "[main] The `pileup' command has been removed. Please use `mpileup' instead.\n");
109                 return 1;
110         }
111 #if _CURSES_LIB != 0
112         else if (strcmp(argv[1], "tview") == 0) return bam_tview_main(argc-1, argv+1);
113 #endif
114         else {
115                 fprintf(stderr, "[main] unrecognized command '%s'\n", argv[1]);
116                 return 1;
117         }
118         return 0;       
119 }