NEWS

   1 Beta Release 0.1.2 (28 January, 2008)
   2 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   3
   4 Notable changes in SAMtools:
   5
   6  * Implemented a Bayesian indel caller. The new caller generate scores
   7    and genotype and is potentially more accurate than Maq's indel
   8    caller. The pileup format is also changed accordingly.
   9
  10  * Implemented rmdup command: remove potential PCR duplicates. Note that
  11    this command ONLY works for FR orientation and requires ISIZE is
  12    correctly set.
  13
  14  * Added fixmate command: fill in mate coordinates, ISIZE and mate
  15    related flags from a name-sorted alignment.
  16
  17  * Fixed a bug in indexing: reads bridging 16x kbp were not retrieved.
  18
  19  * Allow to select reads shown in the pileup output with a mask.
  20
  21  * Generate GLFv2 from pileup.
  22
  23  * Added two more flags for flagging PCR/optical duplicates and for QC
  24    failure.
  25
  26  * Fixed a bug in sort command: name sorting for large alignment did not
  27    work.
  28
  29  * Allow to completely disable RAZF (using Makefile.lite) as some people
  30    have problem to compile it.
  31
  32  * Fixed a bug in import command when there are reads without
  33    coordinates.
  34
  35  * Fixed a bug in tview: clipping broke the alignment viewer.
  36
  37  * Fixed a compiling error when _NO_CURSES is applied.
  38
  39  * Fixed a bug in merge command.
  40
  41 Changes in other utilities:
  42
  43  * Added wgsim, a paired-end reads simulator. Wgsim was adapted from
  44    maq's reads simulator. Colin Hercus further improved it to allow
  45    longer indels.
  46
  47  * Added wgsim_eval.pl, a script that evaluates the accuracy of
  48    alignment on reads generated by wgsim.
  49
  50  * Added soap2sam.pl, a SOAP2->SAM converter. This converter does not
  51    work properly when multiple hits are output.
  52
  53  * Added bowtie2sam.pl, a Bowtie->SAM converter. Only the top hit will
  54    be retained when multiple hits are present.
  55
  56  * Fixed a bug in export2sam.pl for QC reads.
  57
  58  * Support RG tag at MAQ->SAM converter.
  59
  60  * Added novo2sam.pl, a NovoAlign->SAM converter. Multiple hits and
  61    indel are not properly handled, though.
  62
  63  * Added zoom2sam.pl, a ZOOM->SAM converter. It only works with the
  64    default Illumina output.
  65
  66 (0.1.2: 28 January 2008; r116)
  67
  68
  69
  70 Beta Release 0.1.1 (22 December, 2008)
  71 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  72
  73 The is the first public release of samtools. For more information,
  74 please check the manual page `samtools.1' and the samtools website
  75 http://samtools.sourceforge.net