NEWS

   1 Beta Release 0.1.3 (15 April, 2009)
   2 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   3
   4 Notable changes in SAMtools:
   5
   6  * SAMtools is more consistent with the specification: a) '*' in the
   7    QUAL field is allowed; b) the field separator is TAB only and SPACE
   8    is treated as a character in a field; c) empty header is allowed.
   9
  10  * Implemented GLFv3 support in pileup.
  11
  12  * Fixed a severe bug in fixmate: strand information is wrongly
  13    overwritten.
  14
  15  * Fixed a bug in alignment retrieval: alignments bridging n*16384bp are
  16    not correctly retrieved sometimes.
  17
  18  * Fixed a bug in rmdup: segfault if unmapped reads are present.
  19
  20  * Move indel_filter.pl to samtools.pl and improved the filtering by
  21    checking the actual number of alignments containing indels. The indel
  22    pileup line is also changed a little to make this filtration easier.
  23
  24  * Fixed a minor bug in indexing: the bin number of an unmapped read is
  25    wrongly calculated.
  26
  27  * Added `flagstat' command to show statistics on the FLAG field.
  28
  29  * Improved indel caller by setting the maximum window size in local
  30    realignment.
  31
  32 Changes in other utilities:
  33
  34  * Fixed a bug in maq2sam: a tag name is obsolete.
  35
  36  * Improvement to wgsim: a) added support for SOLiD read simulation; b)
  37    show the number of substitutions/indels/errors in read name; c)
  38    considerable code clean up.
  39
  40  * Various converters: improved functionality in general.
  41
  42  * Updated the example SAM due to the previous bug in fixmate.
  43
  44 (0.1.3: 15 April 2009, r227)
  45
  46
  47
  48 Beta Release 0.1.2 (28 January, 2008)
  49 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  50
  51 Notable changes in SAMtools:
  52
  53  * Implemented a Bayesian indel caller. The new caller generate scores
  54    and genotype and is potentially more accurate than Maq's indel
  55    caller. The pileup format is also changed accordingly.
  56
  57  * Implemented rmdup command: remove potential PCR duplicates. Note that
  58    this command ONLY works for FR orientation and requires ISIZE is
  59    correctly set.
  60
  61  * Added fixmate command: fill in mate coordinates, ISIZE and mate
  62    related flags from a name-sorted alignment.
  63
  64  * Fixed a bug in indexing: reads bridging 16x kbp were not retrieved.
  65
  66  * Allow to select reads shown in the pileup output with a mask.
  67
  68  * Generate GLFv2 from pileup.
  69
  70  * Added two more flags for flagging PCR/optical duplicates and for QC
  71    failure.
  72
  73  * Fixed a bug in sort command: name sorting for large alignment did not
  74    work.
  75
  76  * Allow to completely disable RAZF (using Makefile.lite) as some people
  77    have problem to compile it.
  78
  79  * Fixed a bug in import command when there are reads without
  80    coordinates.
  81
  82  * Fixed a bug in tview: clipping broke the alignment viewer.
  83
  84  * Fixed a compiling error when _NO_CURSES is applied.
  85
  86  * Fixed a bug in merge command.
  87
  88 Changes in other utilities:
  89
  90  * Added wgsim, a paired-end reads simulator. Wgsim was adapted from
  91    maq's reads simulator. Colin Hercus further improved it to allow
  92    longer indels.
  93
  94  * Added wgsim_eval.pl, a script that evaluates the accuracy of
  95    alignment on reads generated by wgsim.
  96
  97  * Added soap2sam.pl, a SOAP2->SAM converter. This converter does not
  98    work properly when multiple hits are output.
  99
 100  * Added bowtie2sam.pl, a Bowtie->SAM converter. Only the top hit will
 101    be retained when multiple hits are present.
 102
 103  * Fixed a bug in export2sam.pl for QC reads.
 104
 105  * Support RG tag at MAQ->SAM converter.
 106
 107  * Added novo2sam.pl, a NovoAlign->SAM converter. Multiple hits and
 108    indel are not properly handled, though.
 109
 110  * Added zoom2sam.pl, a ZOOM->SAM converter. It only works with the
 111    default Illumina output.
 112
 113 (0.1.2: 28 January 2008; r116)
 114
 115
 116
 117 Beta Release 0.1.1 (22 December, 2008)
 118 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 119
 120 The is the first public release of samtools. For more information,
 121 please check the manual page `samtools.1' and the samtools website
 122 http://samtools.sourceforge.net