Makefile

   1 CC=                     gcc
   2 CXX=            g++
   3 CFLAGS=         -g -Wall -O2 -m64 #-arch ppc
   4 CXXFLAGS=       $(CFLAGS)
   5 DFLAGS=         -D_IOLIB=2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -DHAVE_RAZF #-D_NO_CURSES
   6 OBJS=           bam.o bam_import.o bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_sort.o bam_index.o \
   7                         razf.o bgzf.o faidx.o bam_tview.o bam_maqcns.o bam_aux.o bam_plcmd.o
   8 PROG=           razip bgzip samtools
   9 INCLUDES=
  10 LIBS=           -lm -lz
  11 SUBDIRS=        . misc
  12
  13 .SUFFIXES:.c .o
  14
  15 .c.o:
  16                 $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
  17
  18 all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur:
  19                 @target=`echo $@ | sed s/-recur//`; \
  20                 wdir=`pwd`; \
  21                 list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
  22                         cd $$subdir; \
  23                         $(MAKE) CC="$(CC)" CXX="$(CXX)" DFLAGS="$(DFLAGS)" CFLAGS="$(CFLAGS)" \
  24                                 INCLUDES="$(INCLUDES)" $$target || exit 1; \
  25                         cd $$wdir; \
  26                 done;
  27
  28 all:$(PROG)
  29
  30 lib:libbam.a
  31
  32 libbam.a:$(OBJS)
  33                 $(AR) -cru $@ $(OBJS)
  34
  35 samtools:lib bamtk.o
  36                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bamtk.o $(LIBS) -L. -lbam -lcurses
  37
  38 razip:razip.o razf.o
  39                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(LIBS)
  40
  41 bgzip:bgzip.o bgzf.o
  42                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(LIBS)
  43
  44 razip.o:razf.h
  45 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h
  46 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
  47 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
  48 bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
  49 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
  50 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
  51 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
  52 bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
  53 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
  54 razf.o:razf.h
  55
  56 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
  57 faidx_main.o:faidx.h razf.h
  58
  59 cleanlocal:
  60                 rm -fr gmon.out *.o a.out *.dSYM $(PROG) *~ *.a
  61
  62 clean:cleanlocal-recur