Makefile

   1 # The default version string in bam.h and bcftools/bcf.h can be overriden directly
   2 #   make VERSION="-DVERSION='\\\"my-version\\\"'"
   3 # or using the git-stamp rule
   4 #   make git-stamp
   5 VERSION=
   6
   7 CC=                     gcc
   8 CFLAGS=         -g -Wall $(VERSION) -O2
   9 #LDFLAGS=               -Wl,-rpath,\$$ORIGIN/../lib
  10 DFLAGS=         -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
  11 KNETFILE_O=     knetfile.o
  12 LOBJS=          bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
  13                         bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o razf.o faidx.o bedidx.o \
  14                         $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o bam_cat.o
  15 AOBJS=          bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o \
  16                         bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
  17                         bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o \
  18                         cut_target.o phase.o bam2depth.o padding.o bedcov.o bamshuf.o \
  19                         bam_tview_curses.o bam_tview_html.o
  20 PROG=           samtools
  21 INCLUDES=       -I.
  22 SUBDIRS=        . bcftools misc
  23 LIBPATH=
  24 LIBCURSES=      -lcurses # -lXCurses
  25
  26
  27 .SUFFIXES:.c .o
  28 .PHONY: all lib
  29
  30 .c.o:
  31                 $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
  32
  33 all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur:
  34                 @target=`echo $@ | sed s/-recur//`; \
  35                 wdir=`pwd`; \
  36                 list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
  37                         cd $$subdir; \
  38                         $(MAKE) CC="$(CC)" DFLAGS="$(DFLAGS)" CFLAGS="$(CFLAGS)" \
  39                                 INCLUDES="$(INCLUDES)" LIBPATH="$(LIBPATH)" $$target || exit 1; \
  40                         cd $$wdir; \
  41                 done;
  42
  43 all:$(PROG)
  44
  45 git-stamp:
  46                 make VERSION="-DVERSION='\\\"`git describe --always --dirty`\\\"'"
  47
  48 .PHONY:all lib clean cleanlocal
  49 .PHONY:all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur
  50
  51 lib:libbam.a
  52
  53 libbam.a:$(LOBJS)
  54                 $(AR) -csru $@ $(LOBJS)
  55
  56 samtools:lib-recur $(AOBJS)
  57                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LDFLAGS) libbam.a -Lbcftools -lbcf $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lm -lz -lpthread
  58
  59 razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
  60                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $^ -lz
  61
  62 bgzip:bgzip.o bgzf.o $(KNETFILE_O)
  63                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $^ -lz -lpthread
  64
  65 bgzf.o:bgzf.c bgzf.h
  66                 $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) -DBGZF_CACHE $(INCLUDES) bgzf.c -o $@
  67
  68 razip.o:razf.h
  69 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
  70 sam.o:sam.h bam.h
  71 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
  72 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
  73 bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bcftools/bcf.h bam2bcf.h
  74 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
  75 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
  76 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_tview.h
  77 bam_tview_curses.o:bam.h faidx.h bam_tview.h
  78 bam_tview_html.o:bam.h faidx.h bam_tview.h
  79 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
  80 bam_md.o:bam.h faidx.h
  81 sam_header.o:sam_header.h khash.h
  82 bcf.o:bcftools/bcf.h
  83 bam2bcf.o:bam2bcf.h errmod.h bcftools/bcf.h
  84 bam2bcf_indel.o:bam2bcf.h
  85 errmod.o:errmod.h
  86 phase.o:bam.h khash.h ksort.h
  87 bamtk.o:bam.h
  88
  89 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
  90 faidx_main.o:faidx.h razf.h
  91
  92
  93 libbam.1.dylib-local:$(LOBJS)
  94                 libtool -dynamic $(LOBJS) -o libbam.1.dylib -lc -lz
  95
  96 libbam.so.1-local:$(LOBJS)
  97                 $(CC) -shared -Wl,-soname,libbam.so -o libbam.so.1 $(LOBJS) -lc -lz
  98
  99 dylib:
 100                 @$(MAKE) cleanlocal; \
 101                 case `uname` in \
 102                         Linux) $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS) -fPIC" libbam.so.1-local;; \
 103                         Darwin) $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS) -fPIC" libbam.1.dylib-local;; \
 104                         *) echo 'Unknown OS';; \
 105                 esac
 106
 107
 108 cleanlocal:
 109                 rm -fr gmon.out *.o a.out *.exe *.dSYM razip bgzip $(PROG) *~ *.a *.so.* *.so *.dylib
 110
 111 clean:cleanlocal-recur