Makefile

   1 CC=                     gcc
   2 CXX=            g++
   3 CFLAGS=         -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
   4 CXXFLAGS=       $(CFLAGS)
   5 DFLAGS=         -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE #-D_NO_CURSES
   6 LOBJS=          bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
   7                         bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o knetfile.o
   8 AOBJS=          bam_sort.o bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o      \
   9                         bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o     \
  10                         bamtk.o
  11 PROG=           samtools
  12 INCLUDES=
  13 SUBDIRS=        . misc
  14 LIBPATH=
  15
  16 .SUFFIXES:.c .o
  17
  18 .c.o:
  19                 $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
  20
  21 all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur:
  22                 @target=`echo $@ | sed s/-recur//`; \
  23                 wdir=`pwd`; \
  24                 list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
  25                         cd $$subdir; \
  26                         $(MAKE) CC="$(CC)" DFLAGS="$(DFLAGS)" CFLAGS="$(CFLAGS)" \
  27                                 INCLUDES="$(INCLUDES)" LIBPATH="$(LIBPATH)" $$target || exit 1; \
  28                         cd $$wdir; \
  29                 done;
  30
  31 all:$(PROG)
  32
  33 lib:libbam.a
  34
  35 libbam.a:$(LOBJS)
  36                 $(AR) -cru $@ $(LOBJS)
  37
  38 ### For the curses library: comment out `-lcurses' if you do not have curses installed
  39 samtools:lib $(AOBJS)
  40                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LIBPATH) -lm -lcurses -lz -L. -lbam
  41
  42 razip:razip.o razf.o
  43                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o -lz
  44
  45 bgzip:bgzip.o bgzf.o
  46                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -lz
  47
  48 razip.o:razf.h
  49 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h
  50 sam.o:sam.h bam.h
  51 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
  52 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
  53 bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h
  54 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
  55 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
  56 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
  57 bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
  58 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
  59 bam_md.o:bam.h faidx.h
  60 glf.o:glf.h
  61
  62 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
  63 faidx_main.o:faidx.h razf.h
  64
  65 cleanlocal:
  66                 rm -fr gmon.out *.o a.out *.dSYM razip $(PROG) *~ *.a
  67
  68 clean:cleanlocal-recur