Makefile

   1 CC=                     gcc
   2 CXX=            g++
   3 CFLAGS=         -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
   4 CXXFLAGS=       $(CFLAGS)
   5 DFLAGS=         -D_IOLIB=2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 #-D_NO_CURSES
   6 OBJS=           bam.o bam_import.o bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_sort.o bam_index.o \
   7                         razf.o bgzf.o faidx.o bam_tview.o bam_maqcns.o bam_aux.o bam_plcmd.o \
   8                         bam_mate.o bam_rmdup.o glf.o bam_stat.o kstring.o bam_md.o sam.o sam_view.o \
   9                         bam_rmdupse.o
  10 PROG=           bgzip samtools
  11 INCLUDES=
  12 SUBDIRS=        . misc
  13
  14 .SUFFIXES:.c .o
  15
  16 .c.o:
  17                 $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
  18
  19 all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur:
  20                 @target=`echo $@ | sed s/-recur//`; \
  21                 wdir=`pwd`; \
  22                 list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
  23                         cd $$subdir; \
  24                         $(MAKE) CC="$(CC)" DFLAGS="$(DFLAGS)" CFLAGS="$(CFLAGS)" \
  25                                 INCLUDES="$(INCLUDES)" $$target || exit 1; \
  26                         cd $$wdir; \
  27                 done;
  28
  29 all:$(PROG)
  30
  31 lib:libbam.a
  32
  33 libbam.a:$(OBJS)
  34                 $(AR) -cru $@ $(OBJS)
  35
  36 ### For the curses library: comment out `-lcurses' if you do not have curses installed
  37 samtools:lib bamtk.o
  38                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bamtk.o -lm -L. -lbam -lcurses -lz
  39
  40 razip:razip.o razf.o
  41                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o -lz
  42
  43 bgzip:bgzip.o bgzf.o
  44                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -lz
  45
  46 razip.o:razf.h
  47 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h
  48 sam.o:sam.h bam.h
  49 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
  50 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
  51 bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h
  52 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
  53 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
  54 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
  55 bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
  56 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
  57 bam_md.o:bam.h faidx.h
  58 glf.o:glf.h
  59
  60 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
  61 faidx_main.o:faidx.h razf.h
  62
  63 cleanlocal:
  64                 rm -fr gmon.out *.o a.out *.dSYM razip $(PROG) *~ *.a
  65
  66 clean:cleanlocal-recur