Makefile

   1 CC=                     gcc
   2 CXX=            g++
   3 CFLAGS=         -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
   4 CXXFLAGS=       $(CFLAGS)
   5 DFLAGS=         -D_FILE_OFFSET_BITS=64 #-D_NO_CURSES
   6 LOBJS=          bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
   7                         bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o
   8 AOBJS=          bam_sort.o bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o      \
   9                         bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o     \
  10                         bamtk.o
  11 PROG=           samtools bgzip
  12 INCLUDES=
  13 SUBDIRS=        . misc
  14
  15 .SUFFIXES:.c .o
  16
  17 .c.o:
  18                 $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
  19
  20 all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur:
  21                 @target=`echo $@ | sed s/-recur//`; \
  22                 wdir=`pwd`; \
  23                 list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
  24                         cd $$subdir; \
  25                         $(MAKE) CC="$(CC)" DFLAGS="$(DFLAGS)" CFLAGS="$(CFLAGS)" \
  26                                 INCLUDES="$(INCLUDES)" $$target || exit 1; \
  27                         cd $$wdir; \
  28                 done;
  29
  30 all:$(PROG)
  31
  32 lib:libbam.a
  33
  34 libbam.a:$(LOBJS)
  35                 $(AR) -cru $@ $(LOBJS)
  36
  37 ### For the curses library: comment out `-lcurses' if you do not have curses installed
  38 samtools:lib $(AOBJS)
  39                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -lm -lcurses -lz -L. -lbam
  40
  41 razip:razip.o razf.o
  42                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o -lz
  43
  44 bgzip:bgzip.o bgzf.o
  45                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -lz
  46
  47 razip.o:razf.h
  48 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h
  49 sam.o:sam.h bam.h
  50 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
  51 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
  52 bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h
  53 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
  54 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
  55 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
  56 bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
  57 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
  58 bam_md.o:bam.h faidx.h
  59 glf.o:glf.h
  60
  61 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
  62 faidx_main.o:faidx.h razf.h
  63
  64 cleanlocal:
  65                 rm -fr gmon.out *.o a.out *.dSYM razip $(PROG) *~ *.a
  66
  67 clean:cleanlocal-recur