Makefile

   1 CC=                     gcc
   2 CFLAGS=         -g -Wall -O2
   3 #LDFLAGS=               -Wl,-rpath,\$$ORIGIN/../lib
   4 DFLAGS=         -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
   5 KNETFILE_O=     knetfile.o
   6 LOBJS=          bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
   7                         bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o razf.o faidx.o bedidx.o \
   8                         $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o bam_cat.o
   9 AOBJS=          bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o \
  10                         bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
  11                         bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o \
  12                         cut_target.o phase.o bam2depth.o padding.o bedcov.o bamshuf.o
  13 PROG=           samtools
  14 INCLUDES=       -I.
  15 SUBDIRS=        . bcftools misc
  16 LIBPATH=
  17 LIBCURSES=      -lcurses # -lXCurses
  18
  19 .SUFFIXES:.c .o
  20 .PHONY: all lib
  21
  22 .c.o:
  23                 $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
  24
  25 all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur:
  26                 @target=`echo $@ | sed s/-recur//`; \
  27                 wdir=`pwd`; \
  28                 list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
  29                         cd $$subdir; \
  30                         $(MAKE) CC="$(CC)" DFLAGS="$(DFLAGS)" CFLAGS="$(CFLAGS)" \
  31                                 INCLUDES="$(INCLUDES)" LIBPATH="$(LIBPATH)" $$target || exit 1; \
  32                         cd $$wdir; \
  33                 done;
  34
  35 all:$(PROG)
  36
  37 .PHONY:all lib clean cleanlocal
  38 .PHONY:all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur
  39
  40 lib:libbam.a
  41
  42 libbam.a:$(LOBJS)
  43                 $(AR) -csru $@ $(LOBJS)
  44
  45 samtools:lib-recur $(AOBJS)
  46                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LDFLAGS) libbam.a -Lbcftools -lbcf $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lm -lz -lpthread
  47
  48 razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
  49                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
  50
  51 bgzip:bgzip.o bgzf.o $(KNETFILE_O)
  52                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(KNETFILE_O) -lz -lpthread
  53
  54 bgzf.o:bgzf.c bgzf.h
  55                 $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) -DBGZF_CACHE $(INCLUDES) bgzf.c -o $@
  56
  57 razip.o:razf.h
  58 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
  59 sam.o:sam.h bam.h
  60 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
  61 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
  62 bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bcftools/bcf.h bam2bcf.h
  63 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
  64 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
  65 bam_tview.o:bam.h faidx.h
  66 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
  67 bam_md.o:bam.h faidx.h
  68 sam_header.o:sam_header.h khash.h
  69 bcf.o:bcftools/bcf.h
  70 bam2bcf.o:bam2bcf.h errmod.h bcftools/bcf.h
  71 bam2bcf_indel.o:bam2bcf.h
  72 errmod.o:errmod.h
  73 phase.o:bam.h khash.h ksort.h
  74 bamtk.o:bam.h
  75
  76 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
  77 faidx_main.o:faidx.h razf.h
  78
  79
  80 libbam.1.dylib-local:$(LOBJS)
  81                 libtool -dynamic $(LOBJS) -o libbam.1.dylib -lc -lz
  82
  83 libbam.so.1-local:$(LOBJS)
  84                 $(CC) -shared -Wl,-soname,libbam.so -o libbam.so.1 $(LOBJS) -lc -lz
  85
  86 dylib:
  87                 @$(MAKE) cleanlocal; \
  88                 case `uname` in \
  89                         Linux) $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS) -fPIC" libbam.so.1-local;; \
  90                         Darwin) $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS) -fPIC" libbam.1.dylib-local;; \
  91                         *) echo 'Unknown OS';; \
  92                 esac
  93
  94
  95 cleanlocal:
  96                 rm -fr gmon.out *.o a.out *.exe *.dSYM razip bgzip $(PROG) *~ *.a *.so.* *.so *.dylib
  97
  98 clean:cleanlocal-recur