Makefile.mingw

   1 CC=                     gcc.exe
   2 AR=                     ar.exe
   3 CFLAGS=         -g -Wall -O2
   4 DFLAGS=         -D_CURSES_LIB=2 -D_USE_KNETFILE
   5 KNETFILE_O=     knetfile.o
   6 LOBJS=          bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
   7                         bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o bam_sort.o \
   8                         $(KNETFILE_O)
   9 AOBJS=          bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
  10                         bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o     \
  11                         bamtk.o kaln.o sam_header.o
  12 PROG=           samtools
  13 INCLUDES=       -Iwin32
  14 SUBDIRS=        .
  15 LIBPATH=
  16
  17 .SUFFIXES:.c .o
  18
  19 .c.o:
  20                 $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
  21
  22 all:$(PROG)
  23
  24 lib:libbam.a
  25
  26 libbam.a:$(LOBJS)
  27                 $(AR) -cru $@ $(LOBJS)
  28
  29 samtools:lib $(AOBJS)
  30                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LIBPATH) -lm -L. -lbam -Lwin32 -lz -lcurses -lws2_32
  31
  32 razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
  33                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
  34
  35 bgzip:bgzip.o bgzf.o $(KNETFILE_O)
  36                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(KNETFILE_O) -lz
  37
  38 razip.o:razf.h
  39 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h
  40 sam.o:sam.h bam.h
  41 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
  42 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
  43 bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h
  44 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
  45 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
  46 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
  47 bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
  48 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
  49 bam_md.o:bam.h faidx.h
  50 glf.o:glf.h
  51
  52 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
  53 faidx_main.o:faidx.h razf.h
  54
  55 clean:
  56                 rm -fr gmon.out *.o *.exe *.dSYM razip $(PROG) *~ *.a