what_is_new

   1 In this version of RSEM, several things are updated:
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   3 - Added --chunkmbs option to rsem-calculate-expression (patch contributed by earonesty)
   4 - Added --sampling-for-bam option to rsem-calculate-expression, in the bam file, instead of providing expected weights, for each read RSEM samples one alignment based on the expected weights
   5 - RSEM can generate BAM and Wiggle files in both genomic-coordinate and transcript-coordinate
   6 - Added rsem-plot-transcript-wiggles. This script can generate transcript-coordinate wiggle plots in pdf format. One unique feature is, a stacked plot can be generated, with unique read contribution shown as black and multi-read contribution shown as red
   7 - Added convert_sam_for_rsem script for users do not use bowtie aligner
   8 - Modified RSEM's GTF file parser. Now RSEM does not require "transcript_id" and "gene_id" be the first two attributes shown
   9 - Improved descriptions for thread related errors.
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