utils.h

   1 #ifndef UTILS
   2 #define UTILS
   3
   4 #include<cmath>
   5 #include<ctime>
   6 #include<cstdio>
   7 #include<cctype>
   8 #include<cstdlib>
   9 #include<cstring>
  10 #include<cassert>
  11 #include<string>
  12 #include<vector>
  13 #include<cerrno>
  14
  15 const int STRLEN = 10005 ;
  16 const double EPSILON = 1e-300;
  17 const double MINEEL = 1.0;
  18 const double ORIVALVE = 0.1;
  19 const int RANGE = 201;
  20 const int OLEN = 25; // overlap length, number of bases must not be in poly(A) tails
  21 const int NBITS = 32; // use unsigned int, 32 bits per variable
  22
  23 bool verbose = true; // show detail intermediate outputs
  24
  25 inline bool isZero(double a) { return fabs(a) < 1e-8; }
  26 inline bool isLongZero(double a) { return fabs(a) < 1e-30; }
  27
  28 // Assume char's range is -128..127
  29 const int CHAR_RANGE = 128;
  30
  31 static std::vector<int> init_base2id() {
  32   std::vector<int> vec(CHAR_RANGE, -1);
  33   vec['a'] = vec['A'] = 0;
  34   vec['c'] = vec['C'] = 1;
  35   vec['g'] = vec['G'] = 2;
  36   vec['t'] = vec['T'] = 3;
  37   vec['n'] = vec['N'] = 4;
  38
  39   return vec;
  40 }
  41
  42 static const std::vector<int> base2id = init_base2id();
  43
  44 inline int get_base_id(char c) {
  45   if (c < 0 || base2id[c] < 0) {
  46     fprintf(stderr, "Found unknown sequence letter %c at function get_base_id!\n", c);
  47     exit(-1);
  48   }
  49   return base2id[c];
  50 }
  51
  52 static std::vector<int> init_rbase2id() {
  53   std::vector<int> vec(CHAR_RANGE, -1);
  54   vec['a'] = vec['A'] = 3;
  55   vec['c'] = vec['C'] = 2;
  56   vec['g'] = vec['G'] = 1;
  57   vec['t'] = vec['T'] = 0;
  58   vec['n'] = vec['N'] = 4;
  59
  60   return vec;
  61 }
  62
  63 static const std::vector<int> rbase2id = init_rbase2id();
  64
  65 inline int get_rbase_id(char c) {
  66   if (c < 0 || rbase2id[c] < 0) {
  67     fprintf(stderr, "Found unknown sequence letter %c at function get_rbase_id!\n", c);
  68     exit(-1);
  69   }
  70   return rbase2id[c];
  71 }
  72
  73 inline char getOpp(char c) {
  74   switch(c) {
  75   case 'a' : return 't';
  76   case 'c' : return 'g';
  77   case 'g' : return 'c';
  78   case 't' : return 'a';
  79   case 'n' : return 'n';
  80   case 'A' : return 'T';
  81   case 'C' : return 'G';
  82   case 'G' : return 'C';
  83   case 'T' : return 'A';
  84   case 'N' : return 'N';
  85   default :
  86         fprintf(stderr, "Found unknown sequence letter %c!\n", c);
  87         exit(-1);
  88   }
  89 }
  90
  91 inline char getCharacter(int id) {
  92   switch(id) {
  93   case 0 : return 'A';
  94   case 1 : return 'C';
  95   case 2 : return 'G';
  96   case 3 : return 'T';
  97   case 4 : return 'N';
  98   default :
  99           fprintf(stderr, "Found unknown id %d!\n", id);
 100           exit(-1);
 101   }
 102 }
 103
 104 static std::vector<unsigned int> init_mask_code() {
 105   std::vector<unsigned int> vec(NBITS);
 106   for (int i = 0; i < NBITS; i++) vec[i] = 1 << i;
 107   return vec;
 108 }
 109
 110 static std::vector<unsigned int> mask_codes = init_mask_code();
 111
 112 inline std::string cleanStr(const std::string& str) {
 113   int len = str.length();
 114   int fr, to;
 115
 116   fr = 0;
 117   while (fr < len && isspace(str[fr])) ++fr;
 118   to = len - 1;
 119   while (to >= 0 && isspace(str[to])) --to;
 120
 121   return (fr <= to ? str.substr(fr, to - fr + 1) : "");
 122 }
 123
 124 void printTimeUsed(const time_t& a, const time_t& b, const char* filename = "") {
 125         int hh = (b - a) / 3600;
 126         int mm = (b - a) % 3600 / 60;
 127         int ss = (b - a) % 60;
 128
 129         printf("Time Used : %d h %02d m %02d s\n", hh, mm, ss);
 130
 131         if (strcmp(filename, "")) {
 132                 FILE *fo = fopen(filename, "w");
 133                 fprintf(fo, "Time Used : %d h %02d m %02d s\n", hh, mm, ss);
 134                 fclose(fo);
 135         }
 136 }
 137
 138 void genReadFileNames(const char* readFN, int tagType, int read_type, int& s, char readFs[][STRLEN]){
 139         const char tags[3][STRLEN] = {"un", "alignable", "max"};
 140         char suffix[STRLEN];
 141
 142         if (read_type == 0 || read_type == 2) {
 143                 strcpy(suffix, "fa");
 144         }
 145         else {
 146                 strcpy(suffix, "fq");
 147         }
 148
 149         if (read_type == 0 || read_type == 1) {
 150                 s = 1;
 151                 sprintf(readFs[0], "%s_%s.%s", readFN, tags[tagType], suffix);
 152         }
 153         else {
 154                 s = 2;
 155                 sprintf(readFs[0], "%s_%s_1.%s", readFN, tags[tagType], suffix);
 156                 sprintf(readFs[1], "%s_%s_2.%s", readFN, tags[tagType], suffix);
 157         }
 158 }
 159
 160 void exitWithError(const char* errmsg) {
 161         fprintf(stderr, "%s\n", errmsg);
 162         exit(-1);
 163 }
 164
 165 void pthread_exception(int rc) {
 166         switch(rc) {
 167         case EAGAIN:
 168                 fprintf(stderr, "Error code: EAGAIN. Insufficient resources to create another thread, or a system-imposed limit on the number of threads was encountered.\n");
 169                 break;
 170         case EINVAL:
 171                 fprintf(stderr, "Error code: EINVAL. Invalid settings in attr if pthread_create() is called. Or the implementation has detected that the value specified by thread_id does not refer to a joinable thread if pthread_join() is called.\n");
 172                 break;
 173         case EPERM:
 174                 fprintf(stderr, "Error code: EPERM. No permission to set the scheduling policy and parameters specified in attr.\n");
 175                 break;
 176         case EDEADLK:
 177                 fprintf(stderr, "Error code: EDEADLK. A deadlock was detected (e.g., two threads tried to join with each other); or thread_id specifies the calling thread.");
 178                 break;
 179         case ESRCH:
 180                 fprintf(stderr, "Error code: ESRCH. No thread with thread_id could be found.\n");
 181                 break;
 182         default: fprintf(stderr, "Unknown error code: %d\n", rc);
 183         }
 184         exit(-1);
 185 }
 186
 187 #endif