utils.h

   1 #ifndef UTILS
   2 #define UTILS
   3
   4 #include<cmath>
   5 #include<ctime>
   6 #include<cstdio>
   7 #include<cctype>
   8 #include<cstdlib>
   9 #include<cstring>
  10 #include<cassert>
  11 #include<string>
  12 #include<vector>
  13 #include<stdint.h>
  14
  15 typedef uint64_t HIT_INT_TYPE;
  16 typedef uint64_t READ_INT_TYPE;
  17
  18 const int STRLEN = 10005 ;
  19 const double EPSILON = 1e-300;
  20 const double MINEEL = 1.0;
  21 const double ORIVALVE = 0.1;
  22 const int RANGE = 201;
  23 const int OLEN = 25; // overlap length, number of bases must not be in poly(A) tails
  24 const int NBITS = 32; // use unsigned int, 32 bits per variable
  25
  26 static bool verbose = true; // show detail intermediate outputs
  27
  28 inline bool isZero(double a) { return fabs(a) < 1e-8; }
  29 inline bool isLongZero(double a) { return fabs(a) < 1e-30; }
  30
  31 // Assume char's range is -128..127
  32 const int CHAR_RANGE = 128;
  33
  34 static std::vector<int> init_base2id() {
  35   std::vector<int> vec(CHAR_RANGE, -1);
  36   vec['a'] = vec['A'] = 0;
  37   vec['c'] = vec['C'] = 1;
  38   vec['g'] = vec['G'] = 2;
  39   vec['t'] = vec['T'] = 3;
  40   vec['n'] = vec['N'] = 4;
  41
  42   return vec;
  43 }
  44
  45 static const std::vector<int> base2id = init_base2id();
  46
  47 inline int get_base_id(char c) {
  48   if (c < 0 || base2id[c] < 0) {
  49     fprintf(stderr, "Found unknown sequence letter %c at function get_base_id!\n", c);
  50     exit(-1);
  51   }
  52   return base2id[c];
  53 }
  54
  55 static std::vector<int> init_rbase2id() {
  56   std::vector<int> vec(CHAR_RANGE, -1);
  57   vec['a'] = vec['A'] = 3;
  58   vec['c'] = vec['C'] = 2;
  59   vec['g'] = vec['G'] = 1;
  60   vec['t'] = vec['T'] = 0;
  61   vec['n'] = vec['N'] = 4;
  62
  63   return vec;
  64 }
  65
  66 static const std::vector<int> rbase2id = init_rbase2id();
  67
  68 inline int get_rbase_id(char c) {
  69   if (c < 0 || rbase2id[c] < 0) {
  70     fprintf(stderr, "Found unknown sequence letter %c at function get_rbase_id!\n", c);
  71     exit(-1);
  72   }
  73   return rbase2id[c];
  74 }
  75
  76 inline char getOpp(char c) {
  77   switch(c) {
  78   case 'a' : return 't';
  79   case 'c' : return 'g';
  80   case 'g' : return 'c';
  81   case 't' : return 'a';
  82   case 'n' : return 'n';
  83   case 'A' : return 'T';
  84   case 'C' : return 'G';
  85   case 'G' : return 'C';
  86   case 'T' : return 'A';
  87   case 'N' : return 'N';
  88   default :
  89         fprintf(stderr, "Found unknown sequence letter %c!\n", c);
  90         exit(-1);
  91   }
  92 }
  93
  94 inline char getCharacter(int id) {
  95   switch(id) {
  96   case 0 : return 'A';
  97   case 1 : return 'C';
  98   case 2 : return 'G';
  99   case 3 : return 'T';
 100   case 4 : return 'N';
 101   default :
 102           fprintf(stderr, "Found unknown id %d!\n", id);
 103           exit(-1);
 104   }
 105 }
 106
 107 static std::vector<unsigned int> init_mask_code() {
 108   std::vector<unsigned int> vec(NBITS);
 109   for (int i = 0; i < NBITS; i++) vec[i] = 1 << i;
 110   return vec;
 111 }
 112
 113 static std::vector<unsigned int> mask_codes = init_mask_code();
 114
 115 inline std::string cleanStr(const std::string& str) {
 116   int len = str.length();
 117   int fr, to;
 118
 119   fr = 0;
 120   while (fr < len && isspace(str[fr])) ++fr;
 121   to = len - 1;
 122   while (to >= 0 && isspace(str[to])) --to;
 123
 124   return (fr <= to ? str.substr(fr, to - fr + 1) : "");
 125 }
 126
 127 inline void genReadFileNames(const char* readFN, int tagType, int read_type, int& s, char readFs[][STRLEN]){
 128         const char tags[3][STRLEN] = {"un", "alignable", "max"};
 129         char suffix[STRLEN];
 130
 131         if (read_type == 0 || read_type == 2) {
 132                 strcpy(suffix, "fa");
 133         }
 134         else {
 135                 strcpy(suffix, "fq");
 136         }
 137
 138         if (read_type == 0 || read_type == 1) {
 139                 s = 1;
 140                 sprintf(readFs[0], "%s_%s.%s", readFN, tags[tagType], suffix);
 141         }
 142         else {
 143                 s = 2;
 144                 sprintf(readFs[0], "%s_%s_1.%s", readFN, tags[tagType], suffix);
 145                 sprintf(readFs[1], "%s_%s_2.%s", readFN, tags[tagType], suffix);
 146         }
 147 }
 148
 149 inline void printTimeUsed(const time_t& a, const time_t& b, const char* program_name) {
 150         int hh = (b - a) / 3600;
 151         int mm = (b - a) % 3600 / 60;
 152         int ss = (b - a) % 60;
 153
 154         printf("Time Used for %s : %d h %02d m %02d s\n", program_name, hh, mm, ss);
 155 }
 156
 157 #endif