sam/bam2bcf.h

   1 #ifndef BAM2BCF_H
   2 #define BAM2BCF_H
   3
   4 #include <stdint.h>
   5 #include "errmod.h"
   6 #include "bcftools/bcf.h"
   7
   8 #define B2B_INDEL_NULL 10000
   9
  10 #define B2B_FMT_DP 0x1
  11 #define B2B_FMT_SP 0x2
  12 #define B2B_FMT_DV 0x4
  13
  14 typedef struct __bcf_callaux_t {
  15         int capQ, min_baseQ;
  16         int openQ, extQ, tandemQ; // for indels
  17         int min_support, max_support; // for collecting indel candidates
  18         double min_frac, max_frac; // for collecting indel candidates
  19     int per_sample_flt; // indel filtering strategy
  20     int *ref_pos, *alt_pos, npos; // for ReadPosBias
  21         // for internal uses
  22         int max_bases;
  23         int indel_types[4];
  24         int maxins, indelreg;
  25     int read_len;
  26         char *inscns;
  27         uint16_t *bases;
  28         errmod_t *e;
  29         void *rghash;
  30 } bcf_callaux_t;
  31
  32 typedef struct {
  33         int depth, n_supp, ori_depth, qsum[4];
  34         unsigned int anno[16];
  35         float p[25];
  36 } bcf_callret1_t;
  37
  38 typedef struct {
  39         int a[5]; // alleles: ref, alt, alt2, alt3
  40     float qsum[4];
  41         int n, n_alleles, shift, ori_ref, unseen;
  42         int n_supp; // number of supporting non-reference reads
  43         unsigned int anno[16], depth, ori_depth;
  44         uint8_t *PL;
  45     float vdb; // variant distance bias
  46     float read_pos_bias;
  47     struct { float avg, var; int dp; } read_pos;
  48 } bcf_call_t;
  49
  50 #ifdef __cplusplus
  51 extern "C" {
  52 #endif
  53
  54         bcf_callaux_t *bcf_call_init(double theta, int min_baseQ);
  55         void bcf_call_destroy(bcf_callaux_t *bca);
  56         int bcf_call_glfgen(int _n, const bam_pileup1_t *pl, int ref_base, bcf_callaux_t *bca, bcf_callret1_t *r);
  57         int bcf_call_combine(int n, const bcf_callret1_t *calls, bcf_callaux_t *bca, int ref_base /*4-bit*/, bcf_call_t *call);
  58         int bcf_call2bcf(int tid, int pos, bcf_call_t *bc, bcf1_t *b, bcf_callret1_t *bcr, int fmt_flag,
  59                                          const bcf_callaux_t *bca, const char *ref);
  60         int bcf_call_gap_prep(int n, int *n_plp, bam_pileup1_t **plp, int pos, bcf_callaux_t *bca, const char *ref,
  61                                                   const void *rghash);
  62
  63 #ifdef __cplusplus
  64 }
  65 #endif
  66
  67 #endif