sam/Makefile

   1 CC=                     gcc
   2 CFLAGS_EXTRA=
   3 #CFLAGS_EXTRA= -L/usr/include/ncurses
   4 CFLAGS=         -g -Wall -O2 $(CFLAGS_EXTRA)
   5 #LDFLAGS=               -Wl,-rpath,\$$ORIGIN/../lib
   6 DFLAGS_EXTRA=
   7 #DFLAGS_EXTRA= -Dexpl=exp -Dlogl=log
   8 DFLAGS=         -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 $(DFLAGS_EXTRA)
   9 KNETFILE_O=     knetfile.o
  10 LOBJS=          bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
  11                         bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o razf.o faidx.o bedidx.o \
  12                         $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o bam_cat.o
  13 AOBJS=          bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o \
  14                         bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
  15                         bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o \
  16                         cut_target.o phase.o bam2depth.o padding.o bedcov.o bamshuf.o \
  17                         bam_tview_curses.o bam_tview_html.o
  18 PROG=           samtools
  19 INCLUDES=       -I.
  20 SUBDIRS=        . bcftools misc
  21 LIBPATH=
  22 LIBCURSES=      -lcurses # -lXCurses
  23
  24 .SUFFIXES:.c .o
  25 .PHONY: all lib
  26
  27 .c.o:
  28                 $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
  29
  30 all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur:
  31                 @target=`echo $@ | sed s/-recur//`; \
  32                 wdir=`pwd`; \
  33                 list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
  34                         cd $$subdir; \
  35                         $(MAKE) CC="$(CC)" DFLAGS="$(DFLAGS)" CFLAGS="$(CFLAGS)" \
  36                                 INCLUDES="$(INCLUDES)" LIBPATH="$(LIBPATH)" $$target || exit 1; \
  37                         cd $$wdir; \
  38                 done;
  39
  40 all:$(PROG)
  41
  42 .PHONY:all lib clean cleanlocal
  43 .PHONY:all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur
  44
  45 lib:libbam.a
  46
  47 libbam.a:$(LOBJS)
  48                 $(AR) -csru $@ $(LOBJS)
  49
  50 samtools:lib-recur $(AOBJS)
  51                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LDFLAGS) libbam.a -Lbcftools -lbcf $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lm -lz -lpthread
  52
  53 razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
  54                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $^ -lz
  55
  56 bgzip:bgzip.o bgzf.o $(KNETFILE_O)
  57                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $^ -lz -lpthread
  58
  59 bgzf.o:bgzf.c bgzf.h
  60                 $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) -DBGZF_CACHE $(INCLUDES) bgzf.c -o $@
  61
  62 razip.o:razf.h
  63 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
  64 sam.o:sam.h bam.h
  65 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
  66 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
  67 bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bcftools/bcf.h bam2bcf.h
  68 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
  69 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
  70 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_tview.h
  71 bam_tview_curses.o:bam.h faidx.h bam_tview.h
  72 bam_tview_html.o:bam.h faidx.h bam_tview.h
  73 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
  74 bam_md.o:bam.h faidx.h
  75 sam_header.o:sam_header.h khash.h
  76 bcf.o:bcftools/bcf.h
  77 bam2bcf.o:bam2bcf.h errmod.h bcftools/bcf.h
  78 bam2bcf_indel.o:bam2bcf.h
  79 errmod.o:errmod.h
  80 phase.o:bam.h khash.h ksort.h
  81 bamtk.o:bam.h
  82
  83 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
  84 faidx_main.o:faidx.h razf.h
  85
  86
  87 libbam.1.dylib-local:$(LOBJS)
  88                 libtool -dynamic $(LOBJS) -o libbam.1.dylib -lc -lz
  89
  90 libbam.so.1-local:$(LOBJS)
  91                 $(CC) -shared -Wl,-soname,libbam.so -o libbam.so.1 $(LOBJS) -lc -lz
  92
  93 dylib:
  94                 @$(MAKE) cleanlocal; \
  95                 case `uname` in \
  96                         Linux) $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS) -fPIC" libbam.so.1-local;; \
  97                         Darwin) $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS) -fPIC" libbam.1.dylib-local;; \
  98                         *) echo 'Unknown OS';; \
  99                 esac
 100
 101
 102 cleanlocal:
 103                 rm -fr gmon.out *.o a.out *.exe *.dSYM razip bgzip $(PROG) *~ *.a *.so.* *.so *.dylib
 104
 105 clean:cleanlocal-recur