rsem-generate-data-matrix

   1 #!/usr/bin/perl
   2
   3 use strict;
   4
   5 if (scalar(@ARGV) == 0) {
   6     print "Usage: rsem-generate-data-matrix sampleA.[genes/isoforms].results sampleB.[genes/isoforms].results ... > output_name.matrix\n";
   7     print "Results files should be either all .genes.results or all .isoforms.results.\n";
   8     exit(-1);
   9 }
  10
  11 my $offsite = 4; # for new file formats
  12
  13 my $line;
  14 my $n = scalar(@ARGV);
  15 my $M = -1;
  16 my @matrix = ();
  17
  18 # 0, file_name; 1, reference of expected count array; 2, reference of transcript_id/gene_id array
  19 sub loadData {
  20     open(INPUT, $_[0]);
  21     my $line = <INPUT>; # The first line contains only column names
  22     while ($line = <INPUT>) {
  23         chomp($line);
  24         my @fields = split(/\t/, $line);
  25         push(@{$_[2]}, "\"$fields[0]\"");
  26         push(@{$_[1]}, $fields[$offsite]);
  27     }
  28     close(INPUT);
  29
  30     if (scalar(@{$_[1]}) == 0) {
  31         print STDERR "Nothing is detected! $_[0] may not exist or is empty.\n";
  32         exit(-1);
  33     }
  34 }
  35
  36 #0, M; 1, reference of @ids_arr; 2, reference of @ids
  37 sub check {
  38     my $size = $_[0];
  39     for (my $i = 0; $i < $size; $i++) {
  40         if ($_[1]->[$i] ne $_[2]->[$i]) {
  41             return 0;
  42         }
  43     }
  44     return 1;
  45 }
  46
  47 my @ids_arr = ();
  48
  49 for (my $i = 0; $i < $n; $i++) {
  50     my (@ids, @ecs) = ();
  51     &loadData($ARGV[$i], \@ecs, \@ids);
  52
  53     if ($M < 0) {
  54         $M = scalar(@ids);
  55         @ids_arr = @ids;
  56     }
  57     elsif (!&check($M, \@ids_arr, \@ids)) {
  58         print STDERR "Number of lines among samples are not equal!\n";
  59         exit(-1);
  60     }
  61
  62     my $colname;
  63     if (substr($ARGV[$i], 0, 2) eq "./") { $colname = substr($ARGV[$i], 2); }
  64     else { $colname = $ARGV[$i]; }
  65     $colname = "\"$colname\"";
  66     @ecs = ($colname, @ecs);
  67     push(@matrix, \@ecs);
  68 }
  69
  70 @ids_arr = ("", @ids_arr);
  71 @matrix = (\@ids_arr, @matrix);
  72
  73 for (my $i = 0; $i <= $M; $i++) {
  74     for (my $j = 0; $j < $n; $j++) { print "$matrix[$j][$i]\t"; }
  75     print "$matrix[$n][$i]\n";
  76 }