rsem-form-counts-matrix

   1 #!/usr/bin/perl
   2
   3 use strict;
   4
   5 if (scalar(@ARGV) == 0) {
   6     print "Usage: rsem-form-counts-matrix sampleA.[genes/isoforms].results sampleB.[genes/isoforms].results ... > output_name.counts.matrix\n";
   7     print "Results files should be either all .genes.results or all .isoforms.results.\n";
   8     exit(-1);
   9 }
  10
  11 my $offsite = 4; # for new file formats
  12
  13 my $line;
  14 my $n = scalar(@ARGV);
  15 my $M = -1;
  16 my @matrix = ();
  17
  18 for (my $i = 0; $i < $n; $i++) {
  19     my @sample = ();
  20     open(INPUT, $ARGV[$i]);
  21     while ($line = <INPUT>) {
  22         chomp($line);
  23         my @fields = split(/\t/, $line);
  24         push(@sample, $fields[$offsite]);
  25     }
  26     close(INPUT);
  27     if (scalar(@sample) == 0) {
  28         print STDERR "No transcript is detected! Please check if $ARGV[$i] exists.\n";
  29         exit(-1);
  30     }
  31     if ($M < 0) { $M = scalar(@sample); }
  32     elsif ($M != scalar(@sample)) {
  33         print STDERR "Number of transcripts among samples are not equal!\n";
  34         exit(-1);
  35     }
  36     push(@matrix, \@sample);
  37 }
  38
  39 for (my $i = 0; $i < $M; $i++) {
  40     for (my $j = 0; $j < $n - 1; $j++) { print "$matrix[$j][$i]\t"; }
  41     print "$matrix[$n - 1][$i]\n";
  42 }