preRef.cpp

   1 #include<cstdio>
   2 #include<cstring>
   3 #include<cstdlib>
   4 #include<cctype>
   5 #include<string>
   6 #include<fstream>
   7 #include<sstream>
   8 #include<cassert>
   9
  10 #include "utils.h"
  11 #include "Refs.h"
  12 #include "PolyARules.h"
  13 #include "RefSeqPolicy.h"
  14 #include "AlignerRefSeqPolicy.h"
  15
  16 using namespace std;
  17
  18 int M;
  19
  20 RefSeqPolicy refp;
  21 AlignerRefSeqPolicy aligner_refp;
  22 PolyARules rules;
  23 Refs refs;
  24
  25 ofstream fout;
  26 char refF[STRLEN], idxF[STRLEN], n2g_idxF[STRLEN];
  27
  28 int polyAChoice, polyALen;
  29 char exceptionF[STRLEN];
  30 bool quiet; // verbose = !quiet;
  31
  32 // always generate references for aligners, default convert all N into G
  33 int main(int argc, char* argv[]) {
  34
  35         if (argc < 4) {
  36                 printf("USAGE : rsem-preref refFastaF polyAChoice refName [-l polyALen] [-f exceptionF] [-q]\n\n");
  37                 printf("  refFastaF: a FASTA format file contains all reference transcripts\n");
  38                 printf("  polyAChoice: choice for polyA tail padding.It is a number from {0,1,2}\n");
  39                 printf("    0: pad polyA tail\n");
  40                 printf("    1: do not pad polyA tail at all\n");
  41                 printf("    2: pad polyA tail for all references but those in exceptionF\n");
  42                 printf("  -l: polyALen: specify the length of polyA tail you want to pad. Default is 100\n");
  43                 printf("  -f: exceptionF: file contains a list of exception reference ids. IDs starts from 1. Must set if polyAChoice = 2\n");
  44                 printf("  -q: quiet\n");
  45                 exit(-1);
  46         }
  47
  48         polyAChoice = atoi(argv[2]);
  49
  50         polyALen = 125;
  51         quiet = false;
  52         memset(exceptionF, 0, sizeof(exceptionF));
  53
  54         for (int i = 4; i < argc; i++) {
  55                 if (!strcmp(argv[i], "-l")) { polyALen = atoi(argv[i + 1]); }
  56                 if (!strcmp(argv[i], "-f")) { strcpy(exceptionF, argv[i + 1]); }
  57                 if (!strcmp(argv[i], "-q")) { quiet = true; }
  58         }
  59
  60         verbose = !quiet;
  61
  62         //make references
  63         rules = PolyARules(polyAChoice, polyALen, exceptionF);
  64         refs.makeRefs(argv[1], refp, rules);
  65         M = refs.getM();
  66
  67         //save references
  68         sprintf(refF, "%s.seq", argv[3]);
  69         refs.saveRefs(refF);
  70
  71         sprintf(idxF, "%s.idx.fa", argv[3]);
  72         fout.open(idxF);
  73         for (int i = 1; i <= M; i++) {
  74                 fout<< ">"<< refs.getRef(i).getName()<< endl<< refs.getRef(i).getSeq()<< endl;
  75         }
  76         fout.close();
  77         if (verbose) printf("%s is generated!\n", idxF);
  78
  79         sprintf(n2g_idxF, "%s.n2g.idx.fa", argv[3]);
  80         fout.open(n2g_idxF);
  81         for (int i = 1; i <= M; i++) {
  82           fout<< ">"<< refs.getRef(i).getName()<< endl<< aligner_refp.convert(refs.getRef(i).getSeq())<< endl;
  83         }
  84         fout.close();
  85         if (verbose) printf("%s is generated!\n", n2g_idxF);
  86
  87         return 0;
  88 }