preRef.cpp

   1 #include<cstdio>
   2 #include<cstring>
   3 #include<cstdlib>
   4 #include<cctype>
   5 #include<string>
   6 #include<fstream>
   7 #include<sstream>
   8 #include<cassert>
   9
  10 #include "utils.h"
  11 #include "Refs.h"
  12 #include "PolyARules.h"
  13 #include "RefSeqPolicy.h"
  14 #include "AlignerRefSeqPolicy.h"
  15
  16 using namespace std;
  17
  18 int M;
  19
  20 RefSeqPolicy refp;
  21 AlignerRefSeqPolicy aligner_refp;
  22 PolyARules rules;
  23 Refs refs;
  24
  25 ofstream fout;
  26 char refF[STRLEN], alignerFastaF[STRLEN];
  27
  28 int polyAChoice, polyALen;
  29 char exceptionF[STRLEN];
  30 bool ntog; // true , change N into G; false do not change. Default is true.
  31 bool quiet; // verbose = !quiet;
  32
  33 // always generate references for aligners, default convert all N into G
  34 int main(int argc, char* argv[]) {
  35
  36   if (argc < 4) {
  37     printf("USAGE : rsem-preref refFastaF polyAChoice refName [-l polyALen] [-f exceptionF] [--no-ntog] [-q]\n\n");
  38     printf("  refFastaF: a FASTA format file contains all reference transcripts\n");
  39     printf("  polyAChoice: choice for polyA tail padding.It is a number from {0,1,2}\n");
  40     printf("    0: pad polyA tail\n");
  41     printf("    1: do not pad polyA tail at all\n");
  42     printf("    2: pad polyA tail for all references but those in exceptionF\n");
  43     printf("  -l: polyALen: specify the length of polyA tail you want to pad. Default is 100\n");
  44     printf("  -f: exceptionF: file contains a list of exception reference ids. IDs starts from 1. Must set if polyAChoice = 2\n");
  45     printf("  --no-ntog: do not convert N in references into G\n");
  46     printf("  -q: quiet\n");
  47     exit(-1);
  48   }
  49
  50
  51   polyAChoice = atoi(argv[2]);
  52
  53   polyALen = 125;
  54   ntog = true;
  55   quiet = false;
  56   memset(exceptionF, 0, sizeof(exceptionF));
  57
  58   for (int i = 4; i < argc; i++) {
  59           if (!strcmp(argv[i], "-l")) { polyALen = atoi(argv[i + 1]); }
  60           if (!strcmp(argv[i], "-f")) { strcpy(exceptionF, argv[i + 1]); }
  61           if (!strcmp(argv[i], "--no-ntog")) { ntog = false; }
  62           if (!strcmp(argv[i], "-q")) { quiet = true; }
  63   }
  64
  65   verbose = !quiet;
  66
  67   //make references
  68   rules = PolyARules(polyAChoice, polyALen, exceptionF);
  69   refs.makeRefs(argv[1], refp, rules);
  70   M = refs.getM();
  71
  72   //save references
  73   sprintf(refF, "%s.seq", argv[3]);
  74   refs.saveRefs(refF);
  75
  76   sprintf(alignerFastaF, "%s.idx.fa", argv[3]);
  77   fout.open(alignerFastaF);
  78   for (int i = 1; i <= M; i++) {
  79     fout<<">"<<refs.getRef(i).getName()<<endl<<(ntog ? aligner_refp.convert(refs.getRef(i).getSeq()) : refs.getRef(i).getSeq())<<endl;
  80   }
  81   fout.close();
  82
  83   if (verbose) { printf("IDX.fa generated!\n"); }
  84
  85   return 0;
  86 }