makefile

   1 CC = g++
   2 #LFLAGS = -Wall -O3 -ffast-math
   3 CFLAGS = -Wall -c -I.
   4 COFLAGS = -Wall -O3 -ffast-math -c -I.
   5 PROGRAMS = rsem-bam2wig rsem-build-read-index rsem-run-em rsem-extract-reference-transcripts rsem-synthesis-reference-transcripts rsem-parse-alignments rsem-preref rsem-simulate-reads rsem-run-gibbs rsem-calculate-credibility-intervals
   6
   7
   8 all : build-sam $(PROGRAMS)
   9
  10 build-sam :
  11         cd sam ; ${MAKE} all
  12
  13 Transcript.h : utils.h
  14
  15 Transcripts.h : Transcript.h
  16
  17 rsem-extract-reference-transcripts : utils.h GTFItem.h Transcript.h Transcripts.h extractRef.cpp
  18         $(CC) -Wall -O3 extractRef.cpp -o rsem-extract-reference-transcripts
  19
  20 rsem-synthesis-reference-transcripts : utils.h Transcript.h Transcripts.h synthesisRef.cpp
  21         $(CC) -Wall -O3 synthesisRef.cpp -o rsem-synthesis-reference-transcripts
  22
  23 BowtieRefSeqPolicy.h : RefSeqPolicy.h
  24
  25 RefSeq.h : utils.h
  26
  27 Refs.h : utils.h RefSeq.h RefSeqPolicy.h PolyARules.h
  28
  29
  30 rsem-preref : preRef.o
  31         $(CC) preRef.o -o rsem-preref
  32
  33 preRef.o : utils.h RefSeq.h Refs.h PolyARules.h RefSeqPolicy.h AlignerRefSeqPolicy.h preRef.cpp
  34         $(CC) $(COFLAGS) preRef.cpp
  35
  36
  37 SingleRead.h : Read.h
  38
  39 SingleReadQ.h : Read.h
  40
  41 PairedEndRead.h : Read.h SingleRead.h
  42
  43 PairedEndReadQ.h : Read.h SingleReadQ.h
  44
  45
  46 PairedEndHit.h : SingleHit.h
  47
  48 HitContainer.h : GroupInfo.h
  49
  50
  51 SamParser.h : sam/sam.h sam/bam.h utils.h SingleRead.h SingleReadQ.h PairedEndRead.h PairedEndReadQ.h SingleHit.h PairedEndHit.h RefSeq.h Refs.h
  52
  53
  54 rsem-parse-alignments : parseIt.o sam/libbam.a
  55         $(CC) -o rsem-parse-alignments parseIt.o sam/libbam.a -lz
  56
  57 parseIt.o : utils.h GroupInfo.h Read.h SingleRead.h SingleReadQ.h PairedEndRead.h PairedEndReadQ.h SingleHit.h PairedEndHit.h HitContainer.h SamParser.h RefSeq.h Refs.h sam/sam.h sam/bam.h parseIt.cpp
  58         $(CC) $(COFLAGS) parseIt.cpp
  59
  60
  61 rsem-build-read-index : utils.h buildReadIndex.cpp
  62         $(CC) -O3 buildReadIndex.cpp -o rsem-build-read-index
  63
  64
  65 simul.h : boost/random.hpp
  66
  67 ReadReader.h : SingleRead.h SingleReadQ.h PairedEndRead.h PairedEndReadQ.h ReadIndex.h
  68
  69 SingleModel.h : utils.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h Profile.h NoiseProfile.h ModelParams.h RefSeq.h Refs.h SingleRead.h SingleHit.h ReadReader.h simul.h
  70
  71 SingleQModel.h : utils.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h QualDist.h QProfile.h NoiseQProfile.h ModelParams.h RefSeq.h Refs.h SingleReadQ.h SingleHit.h ReadReader.h simul.h
  72
  73 PairedEndModel.h : utils.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h Profile.h NoiseProfile.h ModelParams.h RefSeq.h Refs.h SingleRead.h PairedEndRead.h PairedEndHit.h ReadReader.h simul.h
  74
  75 PairedEndQModel.h : utils.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h QualDist.h QProfile.h NoiseQProfile.h ModelParams.h RefSeq.h Refs.h SingleReadQ.h PairedEndReadQ.h PairedEndHit.h ReadReader.h simul.h
  76
  77 HitWrapper.h : HitContainer.h
  78
  79 BamWriter.h : sam/sam.h sam/bam.h utils.h SingleHit.h PairedEndHit.h HitWrapper.h Transcript.h Transcripts.h
  80
  81 sampling.h : boost/random.hpp
  82
  83 rsem-run-em : EM.o sam/libbam.a
  84         $(CC) -o rsem-run-em EM.o sam/libbam.a -lz -lpthread
  85
  86 EM.o : utils.h Read.h SingleRead.h SingleReadQ.h PairedEndRead.h PairedEndReadQ.h SingleHit.h PairedEndHit.h Model.h SingleModel.h SingleQModel.h PairedEndModel.h PairedEndQModel.h Refs.h GroupInfo.h HitContainer.h ReadIndex.h ReadReader.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h QualDist.h QProfile.h NoiseQProfile.h ModelParams.h RefSeq.h RefSeqPolicy.h PolyARules.h Profile.h NoiseProfile.h Transcript.h Transcripts.h HitWrapper.h BamWriter.h sam/bam.h sam/sam.h simul.h sampling.h boost/random.hpp EM.cpp
  87         $(CC) $(COFLAGS) EM.cpp
  88
  89 rsem-bam2wig : sam/bam.h sam/sam.h sam/libbam.a bam2wig.cpp
  90         $(CC) -O3 -Wall bam2wig.cpp sam/libbam.a -lz -o rsem-bam2wig
  91
  92 rsem-simulate-reads : simulation.o
  93         $(CC) -o rsem-simulate-reads simulation.o
  94
  95 simulation.o : utils.h Read.h SingleRead.h SingleReadQ.h PairedEndRead.h PairedEndReadQ.h Model.h SingleModel.h SingleQModel.h PairedEndModel.h PairedEndQModel.h Refs.h RefSeq.h GroupInfo.h Transcript.h Transcripts.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h QualDist.h QProfile.h NoiseQProfile.h Profile.h NoiseProfile.h simul.h boost/random.hpp simulation.cpp
  96         $(CC) $(COFLAGS) simulation.cpp
  97
  98 rsem-run-gibbs : Gibbs.o
  99         $(CC) -o rsem-run-gibbs Gibbs.o -lpthread
 100
 101 #some header files are omitted
 102 Gibbs.o : utils.h Model.h SingleModel.h SingleQModel.h PairedEndModel.h PairedEndQModel.h RefSeq.h RefSeqPolicy.h PolyARules.h Refs.h GroupInfo.h sampling.h boost/random.hpp Gibbs.cpp
 103         $(CC) $(COFLAGS) Gibbs.cpp
 104
 105 rsem-calculate-credibility-intervals : calcCI.o
 106         $(CC) -o rsem-calculate-credibility-intervals calcCI.o
 107
 108 #some header files are omitted
 109 calcCI.o : utils.h Model.h SingleModel.h SingleQModel.h PairedEndModel.h PairedEndQModel.h RefSeq.h RefSeqPolicy.h PolyARules.h Refs.h GroupInfo.h calcCI.cpp boost/random.hpp
 110         $(CC) $(COFLAGS) calcCI.cpp
 111
 112 clean:
 113         rm -f *.o *~ $(PROGRAMS)
 114         cd sam ; ${MAKE} clean
 115