makefile

   1 CC = g++
   2 #LFLAGS = -Wall -O3 -ffast-math
   3 CFLAGS = -Wall -c -I.
   4 COFLAGS = -Wall -O3 -ffast-math -c -I.
   5 PROGRAMS = rsem-tbam2gbam rsem-bam2wig rsem-bam2readdepth rsem-build-read-index rsem-run-em rsem-extract-reference-transcripts rsem-synthesis-reference-transcripts rsem-parse-alignments rsem-preref rsem-simulate-reads rsem-run-gibbs rsem-calculate-credibility-intervals
   6
   7
   8 all : build-sam $(PROGRAMS)
   9
  10 build-sam :
  11         cd sam ; ${MAKE} all
  12
  13 Transcript.h : utils.h
  14
  15 Transcripts.h : Transcript.h
  16
  17 rsem-extract-reference-transcripts : utils.h GTFItem.h Transcript.h Transcripts.h extractRef.cpp
  18         $(CC) -Wall -O3 extractRef.cpp -o rsem-extract-reference-transcripts
  19
  20 rsem-synthesis-reference-transcripts : utils.h Transcript.h Transcripts.h synthesisRef.cpp
  21         $(CC) -Wall -O3 synthesisRef.cpp -o rsem-synthesis-reference-transcripts
  22
  23 BowtieRefSeqPolicy.h : RefSeqPolicy.h
  24
  25 RefSeq.h : utils.h
  26
  27 Refs.h : utils.h RefSeq.h RefSeqPolicy.h PolyARules.h
  28
  29
  30 rsem-preref : preRef.o
  31         $(CC) preRef.o -o rsem-preref
  32
  33 preRef.o : utils.h RefSeq.h Refs.h PolyARules.h RefSeqPolicy.h AlignerRefSeqPolicy.h preRef.cpp
  34         $(CC) $(COFLAGS) preRef.cpp
  35
  36
  37 SingleRead.h : Read.h
  38
  39 SingleReadQ.h : Read.h
  40
  41 PairedEndRead.h : Read.h SingleRead.h
  42
  43 PairedEndReadQ.h : Read.h SingleReadQ.h
  44
  45
  46 PairedEndHit.h : SingleHit.h
  47
  48 HitContainer.h : GroupInfo.h
  49
  50
  51 SamParser.h : sam/sam.h sam/bam.h utils.h SingleRead.h SingleReadQ.h PairedEndRead.h PairedEndReadQ.h SingleHit.h PairedEndHit.h RefSeq.h Refs.h
  52
  53
  54 rsem-parse-alignments : parseIt.o sam/libbam.a
  55         $(CC) -o rsem-parse-alignments parseIt.o sam/libbam.a -lz
  56
  57 parseIt.o : utils.h GroupInfo.h Read.h SingleRead.h SingleReadQ.h PairedEndRead.h PairedEndReadQ.h SingleHit.h PairedEndHit.h HitContainer.h SamParser.h RefSeq.h Refs.h sam/sam.h sam/bam.h parseIt.cpp
  58         $(CC) $(COFLAGS) parseIt.cpp
  59
  60
  61 rsem-build-read-index : utils.h buildReadIndex.cpp
  62         $(CC) -O3 buildReadIndex.cpp -o rsem-build-read-index
  63
  64
  65 simul.h : boost/random.hpp
  66
  67 ReadReader.h : SingleRead.h SingleReadQ.h PairedEndRead.h PairedEndReadQ.h ReadIndex.h
  68
  69 SingleModel.h : utils.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h Profile.h NoiseProfile.h ModelParams.h RefSeq.h Refs.h SingleRead.h SingleHit.h ReadReader.h simul.h
  70
  71 SingleQModel.h : utils.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h QualDist.h QProfile.h NoiseQProfile.h ModelParams.h RefSeq.h Refs.h SingleReadQ.h SingleHit.h ReadReader.h simul.h
  72
  73 PairedEndModel.h : utils.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h Profile.h NoiseProfile.h ModelParams.h RefSeq.h Refs.h SingleRead.h PairedEndRead.h PairedEndHit.h ReadReader.h simul.h
  74
  75 PairedEndQModel.h : utils.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h QualDist.h QProfile.h NoiseQProfile.h ModelParams.h RefSeq.h Refs.h SingleReadQ.h PairedEndReadQ.h PairedEndHit.h ReadReader.h simul.h
  76
  77 HitWrapper.h : HitContainer.h
  78
  79 sam_rsem_aux.h : sam/bam.h
  80
  81 sam_rsem_cvt.h : sam/bam.h Transcript.h Transcripts.h
  82
  83 BamWriter.h : sam/sam.h sam/bam.h sam_rsem_aux.h sam_rsem_cvt.h SingleHit.h PairedEndHit.h HitWrapper.h Transcript.h Transcripts.h
  84
  85 sampling.h : boost/random.hpp
  86
  87 rsem-run-em : EM.o sam/libbam.a
  88         $(CC) -o rsem-run-em EM.o sam/libbam.a -lz -lpthread
  89
  90 EM.o : utils.h Read.h SingleRead.h SingleReadQ.h PairedEndRead.h PairedEndReadQ.h SingleHit.h PairedEndHit.h Model.h SingleModel.h SingleQModel.h PairedEndModel.h PairedEndQModel.h Refs.h GroupInfo.h HitContainer.h ReadIndex.h ReadReader.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h QualDist.h QProfile.h NoiseQProfile.h ModelParams.h RefSeq.h RefSeqPolicy.h PolyARules.h Profile.h NoiseProfile.h Transcript.h Transcripts.h HitWrapper.h BamWriter.h sam/bam.h sam/sam.h simul.h sam_rsem_aux.h sampling.h boost/random.hpp EM.cpp
  91         $(CC) $(COFLAGS) EM.cpp
  92
  93 bc_aux.h : sam/bam.h
  94
  95 BamConverter.h : utils.h sam/sam.h sam/bam.h sam_rsem_aux.h sam_rsem_cvt.h bc_aux.h Transcript.h Transcripts.h
  96
  97 rsem-tbam2gbam : utils.h Transcripts.h Transcript.h bc_aux.h BamConverter.h sam/sam.h sam/bam.h sam/libbam.a sam_rsem_aux.h sam_rsem_cvt.h tbam2gbam.cpp
  98         $(CC) -O3 -Wall tbam2gbam.cpp sam/libbam.a -lz -o $@
  99
 100 rsem-bam2wig : wiggle.h wiggle.o sam/libbam.a bam2wig.cpp
 101         $(CC) -O3 -Wall bam2wig.cpp wiggle.o sam/libbam.a -lz -o $@
 102
 103 rsem-bam2readdepth : wiggle.h wiggle.o sam/libbam.a bam2readdepth.cpp
 104         $(CC) -O3 -Wall bam2readdepth.cpp wiggle.o sam/libbam.a -lz -o $@
 105
 106 wiggle.o: sam/bam.h sam/sam.h wiggle.cpp wiggle.h
 107         $(CC) $(COFLAGS) wiggle.cpp
 108
 109 rsem-simulate-reads : simulation.o
 110         $(CC) -o rsem-simulate-reads simulation.o
 111
 112 simulation.o : utils.h Read.h SingleRead.h SingleReadQ.h PairedEndRead.h PairedEndReadQ.h Model.h SingleModel.h SingleQModel.h PairedEndModel.h PairedEndQModel.h Refs.h RefSeq.h GroupInfo.h Transcript.h Transcripts.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h QualDist.h QProfile.h NoiseQProfile.h Profile.h NoiseProfile.h simul.h boost/random.hpp simulation.cpp
 113         $(CC) $(COFLAGS) simulation.cpp
 114
 115 rsem-run-gibbs : Gibbs.o
 116         $(CC) -o rsem-run-gibbs Gibbs.o -lpthread
 117
 118 #some header files are omitted
 119 Gibbs.o : utils.h Model.h SingleModel.h SingleQModel.h PairedEndModel.h PairedEndQModel.h RefSeq.h RefSeqPolicy.h PolyARules.h Refs.h GroupInfo.h sampling.h boost/random.hpp Gibbs.cpp
 120         $(CC) $(COFLAGS) Gibbs.cpp
 121
 122 rsem-calculate-credibility-intervals : calcCI.o
 123         $(CC) -o rsem-calculate-credibility-intervals calcCI.o
 124
 125 #some header files are omitted
 126 calcCI.o : utils.h Model.h SingleModel.h SingleQModel.h PairedEndModel.h PairedEndQModel.h RefSeq.h RefSeqPolicy.h PolyARules.h Refs.h GroupInfo.h calcCI.cpp boost/random.hpp
 127         $(CC) $(COFLAGS) calcCI.cpp
 128
 129 clean:
 130         rm -f *.o *~ $(PROGRAMS)
 131         cd sam ; ${MAKE} clean
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