buildReadIndex.cpp

   1 #include<cstdio>
   2 #include<cstring>
   3 #include<cstdlib>
   4 #include<string>
   5 #include<fstream>
   6 #include<iostream>
   7
   8 #include "utils.h"
   9 using namespace std;
  10
  11 int gap;
  12 bool hasQ;
  13
  14 void buildIndex(char* readF, int gap, bool hasQ) {
  15         int nPos;
  16         READ_INT_TYPE nReads;
  17         bool success;
  18         string line;
  19         char idxF[STRLEN];
  20         char buf[sizeof(nReads) + sizeof(gap) + sizeof(nPos)];
  21         streampos startPos;
  22
  23         sprintf(idxF, "%s.ridx", readF);
  24
  25         ifstream fin(readF);
  26         if (!fin.is_open()) { fprintf(stderr, "Cannot open %s! It may not exist.\n", readF); exit(-1); }
  27         ofstream fout(idxF, ios::binary);
  28
  29         startPos = fout.tellp();
  30         memset(buf, 0, sizeof(buf));
  31         fout.write((char*)buf, sizeof(buf));
  32
  33         nReads = 0; nPos = 0;
  34         do {
  35                 streampos pos = fin.tellg();
  36                 success = true;
  37
  38                 success = (getline(fin, line));
  39                 if (!success) continue;
  40                 success = (getline(fin, line));
  41                 if (!success) continue;
  42
  43                 if (hasQ) {
  44                         success = (getline(fin, line));
  45                         if (!success) continue;
  46                         success = (getline(fin, line));
  47                         if (!success) continue;
  48                 }
  49
  50                 if (nReads % gap == 0) {
  51                         ++nPos;
  52                         fout.write((char*)&pos, sizeof(pos));
  53                 }
  54                 ++nReads;
  55
  56                 if (verbose && nReads % 1000000 == 0) { cout<< "FIN "<< nReads<< endl; }
  57         } while (success);
  58
  59         fout.seekp(startPos);
  60         fout.write((char*)&nReads, sizeof(nReads));
  61         fout.write((char*)&gap, sizeof(gap));
  62         fout.write((char*)&nPos, sizeof(nPos));
  63
  64         fin.close();
  65         fout.close();
  66
  67         if (verbose) { cout<< "Build Index "<< readF<< " is Done!"<< endl; }
  68 }
  69
  70 int main(int argc, char* argv[]) {
  71         if (argc < 5) {
  72                 printf("Usage : rsem-build-read-index gap hasQ quiet readFile1, readFile2, ...\n");
  73                 exit(-1);
  74         }
  75
  76         gap = atoi(argv[1]);
  77         hasQ = atoi(argv[2]);
  78         verbose = !atoi(argv[3]);
  79         for (int i = 4; i < argc; i++) {
  80                 buildIndex(argv[i], gap, hasQ);
  81         }
  82
  83         return 0;
  84 }