bam2readdepth.cpp

   1 #include <cstdio>
   2 #include <cstring>
   3 #include <cstdlib>
   4 #include <iostream>
   5
   6 #include "wiggle.h"
   7
   8 using namespace std;
   9
  10 int main(int argc, char* argv[]) {
  11   if (argc != 2) {
  12     printf("Usage: rsem-bam2readdepth sorted_bam_input\n");
  13     exit(-1);
  14   }
  15
  16     ReadDepthWriter depth_writer(std::cout);
  17     build_wiggles(argv[1], depth_writer);
  18
  19     return 0;
  20 }