WHAT_IS_NEW

   1 RSEM v1.2.8
   2
   3 - Provided a more detailed description for how to simulate RNA-Seq data using 'rsem-simulate-reads'
   4 - Provided more user-friendly error message if RSEM fails to extract transcript sequences due to the failure of reading certain chromosome sequences
   5
   6 --------------------------------------------------------------------------------------------
   7
   8 RSEM v1.2.7
   9
  10 - 'rsem-find-DE' is replaced by 'rsem-run-ebseq' and 'rsem-control-fdr' for a more friendly user experience
  11 - Added support for differential expression testing on more than 2 conditions in RSEM's EBSeq wrappers 'rsem-run-ebseq' and 'rsem-control-fdr'
  12 - Renamed '--phred33-quals', '--phred64-quals', and '--solexa-quals' in 'rsem-calculate-expression' to '--bowtie-phred33-quals', '--bowtie-phred64-quals', and '--bowtie-solex-quals' to avoid confusion
  13
  14 --------------------------------------------------------------------------------------------
  15
  16 RSEM v1.2.6
  17
  18 - Install the latest version of EBSeq from Bioconductor and if fails, try to install EBSeq v1.1.5 locally
  19 - Fixed a bug in 'rsem-gen-transcript-plots', which makes 'rsem-plot-transcript-wiggles' fail
  20
  21 --------------------------------------------------------------------------------------------
  22
  23 RSEM v1.2.5
  24
  25 - Updated EBSeq from v1.1.5 to v1.1.6
  26 - Fixed a bug in 'rsem-generate-data-matrix', which can cause 'rsem-find-DE' to crash
  27
  28 --------------------------------------------------------------------------------------------
  29
  30 RSEM v1.2.4
  31
  32 - Fixed a bug that leads to poor parallelization performance in Mac OS systems
  33 - Fixed a problem that may halt the 'rsem-gen-transcript-plots", thanks Han Lin for pointing out the problem and suggesting possible fixes
  34 - Added some user-friendly error messages for converting transcript BAM files into genomic BAM files
  35 - Modified rsem-tbam2gbam so that the original alignment quality MAPQ will be preserved if the input bam is not from RSEM
  36 - Added user-friendly error messages if users forget to compile the source codes
  37
  38 --------------------------------------------------------------------------------------------
  39
  40 RSEM v1.2.3
  41
  42 - Fixed a bug in 'EBSeq/rsem-for-ebseq-generate-ngvector-from-clustering-info' which may crash the script
  43
  44 --------------------------------------------------------------------------------------------
  45
  46 RSEM v1.2.2
  47
  48 - Updated EBSeq to v1.1.5
  49 - Modified 'rsem-find-DE' to generate extra output files (type 'rsem-find-DE' to see more information)
  50
  51 --------------------------------------------------------------------------------------------
  52
  53 RSEM v1.2.1
  54
  55 - Added poly(A) tails to 'reference_name.transcripts.fa' so that the RSEM generated transcript unsorted BAM file can be fed into RSEM as an input file. However, users need to rebuild their references if they want to visualize the transcript level wiggle files and BAM files using IGV
  56 - Modified 'rsem-tbam2gbam' to convert users' alignments from transcript BAM files into genome BAM files, provided users use 'reference_name.idx.fa' to build indices for their aligners
  57 - Updated EBSeq from v1.1.3 to v1.1.4
  58 - Corrected several typos in warning messages
  59
  60 --------------------------------------------------------------------------------------------
  61
  62 RSEM v1.2.0
  63
  64 - Changed output formats, added FPKM field etc.
  65 - Fixed a bug related to paired-end reads data
  66 - Added a script to run EBSeq automatically and updated EBSeq to v1.1.3
  67
  68 --------------------------------------------------------------------------------------------
  69
  70 RSEM v1.1.21
  71
  72 - Removed optional field "Z0:A:!" in the BAM outputs
  73 - Added --no-fractional-weight option to rsem-bam2wig, if the BAM file is not generated by RSEM, this option is recommended to be set
  74 - Fixed a bug for generating transcript level wiggle files using 'rsem-plot-transcript-wiggles'
  75
  76 --------------------------------------------------------------------------------------------
  77
  78 RSEM v1.1.20
  79
  80 - Added an option to set the temporary folder name
  81 - Removed sample_name.sam.gz. Instead, RSEM uses samtools to convert bowtie outputted SAM file into a BAM file under the temporary folder
  82 - RSEM generated BAM files now contains all alignment lines produced by bowtie or user-specified aligners, including unalignable reads. Please note that for paired-end reads, if one mate has alignments but the other does not, RSEM will mark the alignable mate as "unmappable" (flag bit 0x4) and append an optional field "Z0:A:!"
  83
  84 --------------------------------------------------------------------------------------------
  85
  86 RSEM v1.1.19
  87
  88 - Allowed > 2^31 hits
  89 - Added some instructions on how to visualize transcript coordinate BAM/WIG files using IGV
  90 - Included EBSeq for downstream differential expression analysis
  91
  92 --------------------------------------------------------------------------------------------
  93
  94 RSEM v1.1.18
  95
  96 - Added some user-friendly error messages
  97 - Added program 'rsem-sam-validator', users can use this program to check if RSEM can process their SAM/BAM files
  98 - Modified 'convert-sam-for-rsem' so that this program will convert users' SAM/BAM files into acceptable BAM files for RSEM
  99
 100 --------------------------------------------------------------------------------------------
 101
 102 RSEM v1.1.17
 103
 104 - Fixed a bug related to parallezation of credibility intervals calculation
 105 - Added --no-bam-output option to rsem-calculate-expression
 106 - The order of @SQ tags in SAM/BAM files can be arbitrary now
 107
 108 --------------------------------------------------------------------------------------------
 109
 110 RSEM v1.1.16
 111
 112 - Added --time option to show time consumed by each phase
 113 - Moved the alignment file out of the temporary folder
 114 - Enabled pthreads for calculating credibility intervals
 115
 116 --------------------------------------------------------------------------------------------
 117
 118 RSEM v1.1.15
 119
 120 - Fixed several bugs causing compilation error
 121 - Modified samtools' Makefile for cygwin. For cygwin users, please uncomment the 4th and 8th lines in sam/Makefile before compiling RSEM
 122
 123 --------------------------------------------------------------------------------------------
 124
 125 RSEM v1.1.14
 126
 127 - Added --chunkmbs option to rsem-calculate-expression (patch contributed by earonesty)
 128 - Added --sampling-for-bam option to rsem-calculate-expression, in the bam file, instead of providing expected weights, for each read RSEM samples one alignment based on the expected weights
 129 - RSEM can generate BAM and Wiggle files in both genomic-coordinate and transcript-coordinate
 130 - Added rsem-plot-transcript-wiggles. This script can generate transcript-coordinate wiggle plots in pdf format. One unique feature is, a stacked plot can be generated, with unique read contribution shown as black and multi-read contribution shown as red
 131 - Added convert_sam_for_rsem script for users do not use bowtie aligner
 132 - Modified RSEM's GTF file parser. Now RSEM does not require "transcript_id" and "gene_id" be the first two attributes shown
 133 - Improved descriptions for thread related errors
 134