WHAT_IS_NEW

   1 RSEM v1.2.1
   2
   3 - Added poly(A) tails to 'reference_name.transcripts.fa' so that the RSEM generated transcript unsorted BAM file can be fed into RSEM as an input file. However, users need to rebuild their references if they want to visualize the transcript level wiggle files and BAM files using IGV
   4 - Modified 'rsem-tbam2gbam' to convert users' alignments from transcript BAM files into genome BAM files, provided users use 'reference_name.idx.fa' to build indices for their aligners
   5 - Updated EBSeq from v1.1.3 to v1.1.4
   6 - Corrected several typos in warning messages
   7
   8 --------------------------------------------------------------------------------------------
   9
  10 RSEM v1.2.0
  11
  12 - Changed output formats, added FPKM field etc.
  13 - Fixed a bug related to paired-end reads data
  14 - Added a script to run EBSeq automatically and updated EBSeq to v1.1.3
  15
  16 --------------------------------------------------------------------------------------------
  17
  18 RSEM v1.1.21
  19
  20 - Removed optional field "Z0:A:!" in the BAM outputs
  21 - Added --no-fractional-weight option to rsem-bam2wig, if the BAM file is not generated by RSEM, this option is recommended to be set
  22 - Fixed a bug for generating transcript level wiggle files using 'rsem-plot-transcript-wiggles'
  23
  24 --------------------------------------------------------------------------------------------
  25
  26 RSEM v1.1.20
  27
  28 - Added an option to set the temporary folder name
  29 - Removed sample_name.sam.gz. Instead, RSEM uses samtools to convert bowtie outputted SAM file into a BAM file under the temporary folder
  30 - RSEM generated BAM files now contains all alignment lines produced by bowtie or user-specified aligners, including unalignable reads. Please note that for paired-end reads, if one mate has alignments but the other does not, RSEM will mark the alignable mate as "unmappable" (flag bit 0x4) and append an optional field "Z0:A:!"
  31
  32 --------------------------------------------------------------------------------------------
  33
  34 RSEM v1.1.19
  35
  36 - Allowed > 2^31 hits
  37 - Added some instructions on how to visualize transcript coordinate BAM/WIG files using IGV
  38 - Included EBSeq for downstream differential expression analysis
  39
  40 --------------------------------------------------------------------------------------------
  41
  42 RSEM v1.1.18
  43
  44 - Added some user-friendly error messages
  45 - Added program 'rsem-sam-validator', users can use this program to check if RSEM can process their SAM/BAM files
  46 - Modified 'convert-sam-for-rsem' so that this program will convert users' SAM/BAM files into acceptable BAM files for RSEM
  47
  48 --------------------------------------------------------------------------------------------
  49
  50 RSEM v1.1.17
  51
  52 - Fixed a bug related to parallezation of credibility intervals calculation
  53 - Added --no-bam-output option to rsem-calculate-expression
  54 - The order of @SQ tags in SAM/BAM files can be arbitrary now
  55
  56 --------------------------------------------------------------------------------------------
  57
  58 RSEM v1.1.16
  59
  60 - Added --time option to show time consumed by each phase
  61 - Moved the alignment file out of the temporary folder
  62 - Enabled pthreads for calculating credibility intervals
  63
  64 --------------------------------------------------------------------------------------------
  65
  66 RSEM v1.1.15
  67
  68 - Fixed several bugs causing compilation error
  69 - Modified samtools' Makefile for cygwin. For cygwin users, please uncomment the 4th and 8th lines in sam/Makefile before compiling RSEM
  70
  71 --------------------------------------------------------------------------------------------
  72
  73 RSEM v1.1.14
  74
  75 - Added --chunkmbs option to rsem-calculate-expression (patch contributed by earonesty)
  76 - Added --sampling-for-bam option to rsem-calculate-expression, in the bam file, instead of providing expected weights, for each read RSEM samples one alignment based on the expected weights
  77 - RSEM can generate BAM and Wiggle files in both genomic-coordinate and transcript-coordinate
  78 - Added rsem-plot-transcript-wiggles. This script can generate transcript-coordinate wiggle plots in pdf format. One unique feature is, a stacked plot can be generated, with unique read contribution shown as black and multi-read contribution shown as red
  79 - Added convert_sam_for_rsem script for users do not use bowtie aligner
  80 - Modified RSEM's GTF file parser. Now RSEM does not require "transcript_id" and "gene_id" be the first two attributes shown
  81 - Improved descriptions for thread related errors
  82