WHAT_IS_NEW

   1 RSEM v1.2.0
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   3 - Changed output formats, added FPKM field etc.
   4 - Fixed a bug related to paired-end reads data
   5 - Added a script to run EBSeq automatically and updated EBSeq to v1.1.3
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   9 RSEM v1.1.21
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  11 - Removed optional field "Z0:A:!" in the BAM outputs
  12 - Added --no-fractional-weight option to rsem-bam2wig, if the BAM file is not generated by RSEM, this option is recommended to be set
  13 - Fixed a bug for generating transcript level wiggle files using 'rsem-plot-transcript-wiggles'
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  17 RSEM v1.1.20
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  19 - Added an option to set the temporary folder name
  20 - Removed sample_name.sam.gz. Instead, RSEM uses samtools to convert bowtie outputted SAM file into a BAM file under the temporary folder
  21 - RSEM generated BAM files now contains all alignment lines produced by bowtie or user-specified aligners, including unalignable reads. Please note that for paired-end reads, if one mate has alignments but the other does not, RSEM will mark the alignable mate as "unmappable" (flag bit 0x4) and append an optional field "Z0:A:!"
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  25 RSEM v1.1.19
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  27 - Allowed > 2^31 hits
  28 - Added some instructions on how to visualize transcript coordinate BAM/WIG files using IGV
  29 - Included EBSeq for downstream differential expression analysis
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  33 RSEM v1.1.18
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  35 - Added some user-friendly error messages
  36 - Added program 'rsem-sam-validator', users can use this program to check if RSEM can process their SAM/BAM files
  37 - Modified 'convert-sam-for-rsem' so that this program will convert users' SAM/BAM files into acceptable BAM files for RSEM
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  41 RSEM v1.1.17
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  43 - Fixed a bug related to parallezation of credibility intervals calculation
  44 - Added --no-bam-output option to rsem-calculate-expression
  45 - The order of @SQ tags in SAM/BAM files can be arbitrary now
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  49 RSEM v1.1.16
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  51 - Added --time option to show time consumed by each phase
  52 - Moved the alignment file out of the temporary folder
  53 - Enabled pthreads for calculating credibility intervals
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  57 RSEM v1.1.15
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  59 - Fixed several bugs causing compilation error
  60 - Modified samtools' Makefile for cygwin. For cygwin users, please uncomment the 4th and 8th lines in sam/Makefile before compiling RSEM
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  64 RSEM v1.1.14
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  66 - Added --chunkmbs option to rsem-calculate-expression (patch contributed by earonesty)
  67 - Added --sampling-for-bam option to rsem-calculate-expression, in the bam file, instead of providing expected weights, for each read RSEM samples one alignment based on the expected weights
  68 - RSEM can generate BAM and Wiggle files in both genomic-coordinate and transcript-coordinate
  69 - Added rsem-plot-transcript-wiggles. This script can generate transcript-coordinate wiggle plots in pdf format. One unique feature is, a stacked plot can be generated, with unique read contribution shown as black and multi-read contribution shown as red
  70 - Added convert_sam_for_rsem script for users do not use bowtie aligner
  71 - Modified RSEM's GTF file parser. Now RSEM does not require "transcript_id" and "gene_id" be the first two attributes shown
  72 - Improved descriptions for thread related errors
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