ReadReader.h

   1 #ifndef READREADER_H_
   2 #define READREADER_H_
   3
   4 #include<cstdio>
   5 #include<cstring>
   6 #include<cstdlib>
   7 #include<iostream>
   8 #include<cassert>
   9 #include<fstream>
  10
  11 #include "utils.h"
  12 #include "SingleRead.h"
  13 #include "SingleReadQ.h"
  14 #include "PairedEndRead.h"
  15 #include "PairedEndReadQ.h"
  16 #include "ReadIndex.h"
  17
  18
  19 template<class ReadType>
  20 class ReadReader {
  21 public:
  22         ReadReader() { s = 0; indices = NULL; arr = NULL; }
  23         ReadReader(int s, char readFs[][STRLEN]);
  24         ~ReadReader();
  25
  26         void setIndices(ReadIndex** indices) {
  27                 this->indices = indices;
  28         }
  29
  30         bool locate(long); // You should guarantee that indices exist and rid is valid, otherwise return false; If it fails, you should reset it manually!
  31         void reset();
  32
  33         bool next(ReadType& read, int flags = 7) {
  34                 return read.read(s, (std::istream**)arr, flags);
  35         }
  36
  37 private:
  38         int s; // number of files
  39         ReadIndex **indices;
  40         std::ifstream** arr;
  41         std::streampos *locations;
  42 };
  43
  44 template<class ReadType>
  45 ReadReader<ReadType>::ReadReader(int s, char readFs[][STRLEN]) {
  46         assert(s > 0);
  47         this->s = s;
  48         arr = new std::ifstream*[s];
  49         locations = new std::streampos[s];
  50         indices = NULL;
  51         for (int i = 0; i < s; i++) {
  52                 arr[i] = new std::ifstream(readFs[i]);
  53                 if (!arr[i]->is_open()) { fprintf(stderr, "Cannot open %s! It may not exist.\n", readFs[i]); exit(-1); }
  54                 locations[i] = arr[i]->tellg();
  55         }
  56 }
  57
  58 template<class ReadType>
  59 ReadReader<ReadType>::~ReadReader() {
  60         indices = NULL;
  61         if (arr != NULL) {
  62                 for (int i = 0; i < s; i++) {
  63                         arr[i]->close();
  64                         delete arr[i];
  65                 }
  66                 delete[] arr;
  67         }
  68         if (locations != NULL) {
  69                 delete[] locations;
  70         }
  71 }
  72
  73 template<class ReadType>
  74 bool ReadReader<ReadType>::locate(long rid) {
  75         long crid = -1;
  76         ReadType read;
  77
  78         if (indices == NULL) return false;
  79
  80         //We should make sure that crid returned by each indices is the same
  81         for (int i = 0; i < s; i++) {
  82                 long val = indices[i]->locate(rid, *arr[i]);
  83                 if (i == 0) { crid = val; } else { assert(crid == val); }
  84         }
  85         assert(crid <= rid);
  86         while (crid < rid && read.read(s, (std::istream**)arr, 0)) ++crid;
  87
  88         if (crid < rid) return false;
  89
  90         std::streampos tmp[s];
  91         for (int i = 0; i < s; i++) { tmp[i] = arr[i]->tellg(); }
  92
  93         if (!read.read(s, (std::istream**)arr, 0)) return false;
  94
  95         for (int i = 0; i < s; i++) {
  96                 locations[i] = tmp[i];
  97                 arr[i]->seekg(locations[i]);
  98         }
  99
 100         return true;
 101 }
 102
 103 template<class ReadType>
 104 void ReadReader<ReadType>::reset() {
 105         for (int i = 0; i < s; i++) {
 106                 arr[i]->seekg(locations[i]);
 107         }
 108 }
 109
 110 #endif /* READREADER_H_ */