ReadReader.h

   1 #ifndef READREADER_H_
   2 #define READREADER_H_
   3
   4 #include<cstdio>
   5 #include<cstring>
   6 #include<cstdlib>
   7 #include<iostream>
   8 #include<cassert>
   9 #include<fstream>
  10 #include<vector>
  11
  12 #include "utils.h"
  13 #include "SingleRead.h"
  14 #include "SingleReadQ.h"
  15 #include "PairedEndRead.h"
  16 #include "PairedEndReadQ.h"
  17 #include "ReadIndex.h"
  18
  19
  20 template<class ReadType>
  21 class ReadReader {
  22 public:
  23         ReadReader() { s = 0; indices = NULL; arr = NULL; hasPolyA = false; seedLen = -1; }
  24         ReadReader(int s, char readFs[][STRLEN], bool hasPolyA = false, int seedLen = -1);
  25         ~ReadReader();
  26
  27         void setIndices(ReadIndex** indices) {
  28                 this->indices = indices;
  29         }
  30
  31         bool locate(READ_INT_TYPE); // You should guarantee that indices exist and rid is valid, otherwise return false; If it fails, you should reset it manually!
  32         void reset();
  33
  34         bool next(ReadType& read, int flags = 7) {
  35                 bool success = read.read(s, (std::istream**)arr, flags);
  36                 if (success && seedLen > 0) { read.calc_lq(hasPolyA, seedLen); }
  37                 return success;
  38         }
  39
  40 private:
  41         int s; // number of files
  42         ReadIndex **indices;
  43         std::ifstream** arr;
  44         std::streampos *locations;
  45
  46         bool hasPolyA;
  47         int seedLen;
  48 };
  49
  50 template<class ReadType>
  51 ReadReader<ReadType>::ReadReader(int s, char readFs[][STRLEN], bool hasPolyA, int seedLen) {
  52         assert(s > 0);
  53         this->s = s;
  54         arr = new std::ifstream*[s];
  55         locations = new std::streampos[s];
  56         indices = NULL;
  57         for (int i = 0; i < s; i++) {
  58                 arr[i] = new std::ifstream(readFs[i]);
  59                 if (!arr[i]->is_open()) { fprintf(stderr, "Cannot open %s! It may not exist.\n", readFs[i]); exit(-1); }
  60                 locations[i] = arr[i]->tellg();
  61         }
  62         this->hasPolyA = hasPolyA;
  63         this->seedLen = seedLen;
  64 }
  65
  66 template<class ReadType>
  67 ReadReader<ReadType>::~ReadReader() {
  68         indices = NULL;
  69         if (arr != NULL) {
  70                 for (int i = 0; i < s; i++) {
  71                         arr[i]->close();
  72                         delete arr[i];
  73                 }
  74                 delete[] arr;
  75         }
  76         if (locations != NULL) {
  77                 delete[] locations;
  78         }
  79 }
  80
  81 template<class ReadType>
  82 bool ReadReader<ReadType>::locate(READ_INT_TYPE rid) {
  83         READ_INT_TYPE crid = -1;
  84         ReadType read;
  85
  86         if (indices == NULL) return false;
  87
  88         //We should make sure that crid returned by each indices is the same
  89         for (int i = 0; i < s; i++) {
  90                 READ_INT_TYPE val = indices[i]->locate(rid, *arr[i]);
  91                 if (i == 0) { crid = val; } else { assert(crid == val); }
  92         }
  93         assert(crid <= rid);
  94         while (crid < rid && read.read(s, (std::istream**)arr, 0)) ++crid;
  95
  96         if (crid < rid) return false;
  97
  98         std::vector<std::streampos> tmp(s);
  99         for (int i = 0; i < s; i++) { tmp[i] = arr[i]->tellg(); }
 100
 101         if (!read.read(s, (std::istream**)arr, 0)) return false;
 102
 103         for (int i = 0; i < s; i++) {
 104                 locations[i] = tmp[i];
 105                 arr[i]->seekg(locations[i]);
 106         }
 107
 108         return true;
 109 }
 110
 111 template<class ReadType>
 112 void ReadReader<ReadType>::reset() {
 113         for (int i = 0; i < s; i++) {
 114                 arr[i]->seekg(locations[i]);
 115         }
 116 }
 117
 118 #endif /* READREADER_H_ */