PairedEndReadQ.h

   1 #ifndef PAIREDENDREADQ_H_
   2 #define PAIREDENDREADQ_H_
   3
   4 #include<cassert>
   5 #include<iostream>
   6 #include<string>
   7
   8 #include "Read.h"
   9 #include "SingleReadQ.h"
  10
  11 class PairedEndReadQ : public Read {
  12 public:
  13         PairedEndReadQ() : mate1(), mate2() {}
  14         PairedEndReadQ(const SingleReadQ& mate1, const SingleReadQ& mate2) {
  15                 this->mate1 = mate1;
  16                 this->mate2 = mate2;
  17                 this->name = mate1.getName();
  18
  19                 calc_lq();
  20         }
  21
  22         bool read(int argc, std::istream* argv[], int flags = 7);
  23         void write(int argc, std::ostream* argv[]);
  24
  25         const SingleReadQ& getMate1() const { return mate1; }
  26         const SingleReadQ& getMate2() const { return mate2; }
  27         const SingleReadQ& getMate(int i) const {
  28                 if (i == 1) return mate1;
  29                 else return mate2;
  30         }
  31
  32 private:
  33         SingleReadQ mate1, mate2;
  34
  35         void calc_lq();
  36 };
  37
  38 bool PairedEndReadQ::read(int argc, std::istream* argv[], int flags) {
  39         bool success;
  40     std::istream *inpMate1[1], *inpMate2[1];
  41
  42         assert(argc == 2);
  43         inpMate1[0] = argv[0]; inpMate2[0] = argv[1];
  44         success = mate1.read(1, inpMate1, flags) && mate2.read(1, inpMate2, flags);
  45         name = "";
  46         if (flags & 4) { name = mate1.getName(); } //May chop 1 char later if we want
  47
  48         if (flags & 1) calc_lq();
  49
  50         return success;
  51 }
  52
  53 void PairedEndReadQ::write(int argc, std::ostream* argv[]) {
  54         std::ostream *outMate1[1], *outMate2[1];
  55
  56         assert(argc == 2);
  57         outMate1[0] = argv[0]; outMate2[0] = argv[1];
  58         mate1.write(1, outMate1);
  59         mate2.write(1, outMate2);
  60 }
  61
  62 void PairedEndReadQ::calc_lq() {
  63         low_quality = mate1.isLowQuality() && mate2.isLowQuality();
  64 }
  65
  66 #endif /* PAIREDENDREADQ_H_ */