PairedEndReadQ.h

   1 #ifndef PAIREDENDREADQ_H_
   2 #define PAIREDENDREADQ_H_
   3
   4 #include<cassert>
   5 #include<iostream>
   6 #include<string>
   7
   8 #include "Read.h"
   9 #include "SingleReadQ.h"
  10
  11 class PairedEndReadQ : public Read {
  12 public:
  13         PairedEndReadQ() : mate1(), mate2() {}
  14         PairedEndReadQ(const SingleReadQ& mate1, const SingleReadQ& mate2) {
  15                 this->mate1 = mate1;
  16                 this->mate2 = mate2;
  17                 this->name = mate1.getName();
  18         }
  19
  20         bool read(int argc, std::istream* argv[], int flags = 7);
  21         void write(int argc, std::ostream* argv[]);
  22
  23         const SingleReadQ& getMate1() const { return mate1; }
  24         const SingleReadQ& getMate2() const { return mate2; }
  25         const SingleReadQ& getMate(int i) const {
  26                 if (i == 1) return mate1;
  27                 else return mate2;
  28         }
  29
  30         void calc_lq(bool, int); // calculate if this read is low quality. Without calling this function, isLowQuality() will always be false
  31
  32 private:
  33         SingleReadQ mate1, mate2;
  34 };
  35
  36 bool PairedEndReadQ::read(int argc, std::istream* argv[], int flags) {
  37         bool success;
  38     std::istream *inpMate1[1], *inpMate2[1];
  39
  40         assert(argc == 2);
  41         inpMate1[0] = argv[0]; inpMate2[0] = argv[1];
  42         success = mate1.read(1, inpMate1, flags) && mate2.read(1, inpMate2, flags);
  43         name = "";
  44         if (flags & 4) { name = mate1.getName(); } //May chop 1 char later if we want
  45
  46         return success;
  47 }
  48
  49 void PairedEndReadQ::write(int argc, std::ostream* argv[]) {
  50         std::ostream *outMate1[1], *outMate2[1];
  51
  52         assert(argc == 2);
  53         outMate1[0] = argv[0]; outMate2[0] = argv[1];
  54         mate1.write(1, outMate1);
  55         mate2.write(1, outMate2);
  56 }
  57
  58 //calculate if this read is low quality
  59 void PairedEndReadQ::calc_lq(bool hasPolyA, int seedLen) {
  60         low_quality = false;
  61         mate1.calc_lq(hasPolyA, seedLen);
  62         mate2.calc_lq(hasPolyA, seedLen);
  63         if (mate1.getReadLength() < seedLen || mate2.getReadLength() < seedLen) low_quality = true;
  64         else low_quality = mate1.isLowQuality() && mate2.isLowQuality();
  65 }
  66
  67 #endif /* PAIREDENDREADQ_H_ */