ModelParams.h

   1 #ifndef MODELPARAMS_H_
   2 #define MODELPARAMS_H_
   3
   4 #include<cstdio>
   5 #include<cstring>
   6
   7 #include "utils.h"
   8 #include "Refs.h"
   9
  10 struct ModelParams {
  11         int M;
  12         READ_INT_TYPE N[3];
  13         int minL, maxL;
  14         bool estRSPD; // true if user wants to estimate RSPD; false if use uniform distribution
  15         int B; // number of bins in RSPD
  16         int mate_minL, mate_maxL;
  17         double probF; //probability of forward strand
  18         double mean, sd;
  19         Refs *refs;
  20
  21         int seedLen;
  22
  23         //default parameters
  24         ModelParams() {
  25                 minL = 1; maxL = 1000;
  26                 estRSPD = false;
  27                 B = 20; // default bin size if estRSPD is true
  28                 mate_minL = 1; mate_maxL = 1000;
  29                 probF = 0.5;
  30                 mean = -1; sd = 0;
  31
  32                 M = 0;
  33                 memset(N, 0, sizeof(N));
  34                 refs = NULL;
  35
  36                 seedLen = 0;
  37         }
  38 };
  39 #endif /* MODELPARAMS_H_ */