HitContainer.h

   1 #ifndef HITCONTAINER_H_
   2 #define HITCONTAINER_H_
   3
   4 #include<cassert>
   5 #include<iostream>
   6 #include<vector>
   7
   8 #include<algorithm>
   9 #include "GroupInfo.h"
  10
  11 template<class HitType>
  12 class HitContainer {
  13 public:
  14         HitContainer() {
  15                 clear();
  16         }
  17
  18         void clear() {
  19                 n = nhits = 0;
  20                 s.clear();
  21                 hits.clear();
  22
  23                 s.push_back(0);
  24         }
  25
  26         bool read(std::istream&); // each time a read
  27         void write(std::ostream&); // write all reads' hit out
  28
  29         void push_back(const HitType& hit)  {
  30                 hits.push_back(hit);
  31                 ++nhits;
  32         }
  33
  34         //update read information vector etc
  35         void updateRI() {
  36                 if (nhits > s.back()) {  //Do not change if last read does not have hits
  37                         s.push_back(nhits);
  38                         ++n;
  39                 }
  40         }
  41
  42         int getN() { return n; }
  43
  44         int getNHits() { return nhits; }
  45
  46         int calcNumGeneMultiReads(const GroupInfo&);
  47         int calcNumIsoformMultiReads();
  48
  49         int getSAt(int pos) { assert(pos >= 0 && pos <= n); return s[pos]; }
  50
  51         HitType& getHitAt(int pos) { assert(pos >= 0 && pos < nhits); return hits[pos]; }
  52
  53 private:
  54         int n; // n reads in total
  55         int nhits; // # of hits
  56         std::vector<int> s;
  57         std::vector<HitType> hits;
  58 };
  59
  60 //Each time only read one read's hits. If you want to start over, must call clear() first!
  61 template<class HitType>
  62 bool HitContainer<HitType>::read(std::istream& in) {
  63         int tot;
  64
  65         if (!(in>>tot)) return false;
  66         assert(tot > 0);
  67         for (int i = 0; i < tot; i++) {
  68                 HitType hit;
  69                 if (!hit.read(in)) return false;
  70                 hits.push_back(hit);
  71         }
  72
  73         nhits = nhits + tot;
  74         ++n;
  75         s.push_back(nhits);
  76
  77         return true;
  78 }
  79
  80 template<class HitType>
  81 void HitContainer<HitType>::write(std::ostream& out) {
  82         if (n <= 0) return;
  83         for (int i = 0; i < n; i++) {
  84                 out<<s[i + 1] - s[i];
  85                 for (int j = s[i]; j < s[i + 1]; j++) {
  86                         hits[j].write(out);
  87                 }
  88                 out<<std::endl;
  89         }
  90 }
  91
  92 template<class HitType>
  93 int HitContainer<HitType>::calcNumGeneMultiReads(const GroupInfo& gi) {
  94         int res = 0;
  95         int *sortgids = NULL;
  96
  97         for (int i = 0; i < n; i++) {
  98                 int num = s[i + 1] - s[i];
  99                 sortgids = new int[num];
 100                 for (int j = s[i]; j < s[i + 1]; j++) sortgids[j] = gi.gidAt(hits[j].getSid());
 101                 std::sort(sortgids, sortgids + num);
 102                 if (std::unique(sortgids, sortgids + num) - sortgids > 1) ++res;
 103                 delete[] sortgids;
 104         }
 105
 106         return res;
 107 }
 108
 109 template<class HitType>
 110 int HitContainer<HitType>::calcNumIsoformMultiReads() {
 111         int res = 0;
 112         for (int i = 0; i < n; i++)
 113                 if (s[i + 1] - s[i] > 1) ++res;
 114         return res;
 115 }
 116
 117 #endif /* HITCONTAINER_H_ */