GTFItem.h

   1 #ifndef __GTFITEM__
   2 #define __GTFITEM__
   3
   4 #include<cstdio>
   5 #include<cstdlib>
   6 #include<cassert>
   7 #include<string>
   8 #include<sstream>
   9
  10 #include "utils.h"
  11
  12 class GTFItem {
  13  public:
  14
  15   GTFItem() {
  16     seqname = source = feature = "";
  17     score = "";
  18     start = end = 0;
  19     strand = 0; //strand is a char variable
  20     frame = "";
  21     gene_id = transcript_id = "";
  22     left = "";
  23   }
  24
  25   bool operator<(const GTFItem& o) const {
  26           if (gene_id != o.gene_id) return gene_id < o.gene_id;
  27           if (transcript_id != o.transcript_id) return transcript_id < o.transcript_id;
  28           return start < o.start;
  29   }
  30
  31   void my_assert(char value, std::string& line, const std::string& msg) {
  32           if (!value) {
  33                   fprintf(stderr, ".gtf file might be corrupted!\n");
  34                   fprintf(stderr, "Stop at line : %s\n", line.c_str());
  35                   fprintf(stderr, "Error Message: %s\n", msg.c_str());
  36                   exit(-1);
  37           }
  38   }
  39
  40   void parse(std::string line) {
  41     std::istringstream strin(line);
  42     std::string tmp;
  43
  44     getline(strin, seqname, '\t');
  45     getline(strin, source, '\t');
  46     getline(strin, feature, '\t');
  47     getline(strin, tmp, '\t');
  48     start = atoi(tmp.c_str());
  49     getline(strin, tmp, '\t');
  50     end = atoi(tmp.c_str());
  51     getline(strin, score, '\t');
  52     getline(strin, tmp, '\t');
  53     my_assert((tmp.length() == 1 && (tmp[0] == '+' || tmp[0] == '-')), line, "Strand is neither '+' nor '-'!");
  54     strand = tmp[0];
  55     getline(strin, frame, '\t');
  56
  57     getline(strin, tmp, ';'); tmp = cleanStr(tmp);
  58     my_assert((tmp.substr(0, 7) == "gene_id"), line, "Identifier should be gene_id!");
  59     tmp = cleanStr(tmp.substr(7));
  60     my_assert((tmp[0] == '"' && tmp[tmp.length() - 1] == '"'), line, "Textual attributes should be surrounded by doublequotes!");
  61     gene_id = tmp.substr(1, tmp.length() - 2);
  62
  63     getline(strin, tmp, ';'); tmp = cleanStr(tmp);
  64     my_assert((tmp.substr(0, 13) == "transcript_id"), line, "Identifier should be transcript_id!");
  65     tmp = cleanStr(tmp.substr(13));
  66     my_assert((tmp[0] == '"' && tmp[tmp.length() - 1] == '"'), line, "Textual attributes should be surrounded by doublequotes!");
  67     transcript_id = tmp.substr(1, tmp.length() - 2);
  68
  69     getline(strin, left);
  70   }
  71
  72   std::string getSeqName() { return seqname; }
  73   std::string getSource() { return source; }
  74   std::string getFeature() { return feature; }
  75   int getStart() { return start; }
  76   int getEnd() { return end; }
  77   char getStrand() { return strand; }
  78   std::string getScore() { return score; }  // float, integer or "." ; let downstream programs parse it
  79   std::string getFrame() { return frame; }  // 0, 1, 2, or "."; let downstream programs parse it
  80   std::string getGeneID() { return gene_id; }
  81   std::string getTranscriptID() { return transcript_id; }
  82   std::string getLeft() { return left; }
  83
  84   void setGeneID(const std::string& gene_id) {
  85     this->gene_id = gene_id;
  86   }
  87
  88   std::string toString() {
  89     std::string val;
  90     std::ostringstream strout;
  91     strout<<seqname<<'\t'<<source<<'\t'<<feature<<'\t'<<start<<'\t'<<end<<'\t'<<score<<'\t'<<strand<<'\t'<<frame<<'\t';
  92     strout<<"gene_id \""<<gene_id<<"\"; transcript_id \""<<transcript_id<<"\";"<<left;
  93     val = strout.str();
  94
  95     return val;
  96   }
  97
  98  private:
  99   std::string seqname, source, feature;
 100   std::string score;
 101   int start, end;
 102   char strand;
 103   std::string frame;
 104   std::string gene_id, transcript_id;
 105   std::string left;
 106 };
 107
 108 #endif