EBSeq/rsem-for-ebseq-find-DE

   1 #!/usr/bin/env Rscript
   2
   3 argv <- commandArgs(TRUE)
   4 if (length(argv) < 6) {
   5   cat("Usage: rsem-for-ebseq-find-DE path ngvector_file data_matrix_file output_file number_of_replicate_for_condition_1 number_of_replicate_for_condition_2 ...\n")
   6   q(status = 1)
   7 }
   8
   9 path <- argv[1]
  10 ngvector_file <- argv[2]
  11 data_matrix_file <- argv[3]
  12 output_file <- argv[4]
  13
  14 nc <- length(argv) - 4;
  15 num_reps <- as.numeric(argv[5:(5+nc-1)])
  16
  17 .libPaths(c(path, .libPaths()))
  18 library(EBSeq)
  19
  20 DataMat <- data.matrix(read.table(data_matrix_file))
  21 n <- dim(DataMat)[2]
  22 if (sum(num_reps) != n) stop("Total number of replicates given does not match the number of columns from the data matrix!")
  23
  24 conditions <- as.factor(rep(paste("C", 1:nc, sep=""), times = num_reps))
  25 Sizes <- MedianNorm(DataMat)
  26 ngvector <- NULL
  27 if (ngvector_file != "#") {
  28   ngvector <- as.vector(data.matrix(read.table(ngvector_file)))
  29   stopifnot(!is.null(ngvector))
  30 }
  31
  32 if (nc == 2) {
  33   EBOut <- NULL
  34   EBOut <- EBTest(Data = DataMat, NgVector = ngvector, Conditions = conditions, sizeFactors = Sizes, maxround = 5)
  35   stopifnot(!is.null(EBOut))
  36
  37   PP <- as.data.frame(GetPPMat(EBOut))
  38   fc_res <- PostFC(EBOut)
  39
  40   results <- cbind(PP, fc_res$PostFC, fc_res$RealFC)
  41   colnames(results) <- c("PPEE", "PPDE", "PostFC", "RealFC")
  42   results <- results[order(results[,"PPDE"], decreasing = TRUE),]
  43   write.table(results, file = output_file, sep = "\t")
  44
  45 } else {
  46   patterns <- GetPatterns(conditions)
  47   eename <- rownames(patterns)[which(rowSums(patterns) == nc)]
  48   stopifnot(length(eename) == 1)
  49
  50   MultiOut <- NULL
  51   MultiOut <- EBMultiTest(Data = DataMat, NgVector = ngvector, Conditions = conditions, AllParti = patterns, sizeFactors = Sizes, maxround = 5)
  52   stopifnot(!is.null(MultiOut))
  53
  54   MultiPP <- GetMultiPP(MultiOut)
  55
  56   PP <- as.data.frame(MultiPP$PP)
  57   pos <- which(names(PP) == eename)
  58   probs <- rowSums(PP[,-pos])
  59
  60   results <- cbind(PP, MultiPP$MAP[rownames(PP)], probs)
  61   colnames(results) <- c(colnames(PP), "MAP", "PPDE")
  62   ord <- order(results[,"PPDE"], decreasing = TRUE)
  63   results <- results[ord,]
  64   write.table(results, file = output_file, sep = "\t")
  65
  66   write.table(MultiPP$Patterns, file = paste(output_file, ".pattern", sep = ""), sep = "\t")
  67
  68   MultiFC <- GetMultiFC(MultiOut)
  69   write.table(MultiFC$CondMeans[ord,], file = paste(output_file, ".condmeans", sep = ""), sep = "\t")
  70 }