EBSeq/man/TopCts.Rd

   1 \name{TopCts}
   2 \alias{TopCts}
   3 %- Also NEED an '\alias' for EACH other topic documented here.
   4 \title{
   5 Get FDR of Top Counts
   6 }
   7 \description{
   8
   9 }
  10 \usage{
  11 TopCts(pvalue, PP = NULL, TrueNames, TopNum)
  12 }
  13 %- maybe also 'usage' for other objects documented here.
  14 \arguments{
  15   \item{pvalue}{
  16 A matrix contains the p values (Posterior probabilities) for each transcript and each method.
  17 Rows are for different methods and columns are for different transcripts.
  18 }
  19   \item{PP}{
  20 The length of PP vector should be the same as the number of columns in pvalue matrix.
  21 The value in PP either 0 or 1.
  22 If the ith value of PP is 0, it means the ith method (the ith row of pvalue) provided p-values.
  23 If the ith value of PP is 1, it means the ith method (the ith row of pvalue) provided posterior probabilities.
  24 }
  25   \item{TrueNames}{
  26 The names of the transcripts who defined to be DE.
  27 }
  28   \item{TopNum}{
  29 The number of top counts we are interested in.
  30 For example, if TopNum=1000, we'll calculate the FDR's of each method if we pick the top 1, 2, ... 1000 genes.
  31 }
  32 }
  33 \details{
  34 %%  ~~ If necessary, more details than the description above ~~
  35 }
  36 \value{
  37 A metrix contains the FDR's.
  38 }
  39 \references{
  40 %% ~put references to the literature/web site here ~
  41 }
  42 \author{
  43 %%  ~~who you are~~
  44 }
  45 \note{
  46 %%  ~~further notes~~
  47 }
  48
  49 %% ~Make other sections like Warning with \section{Warning }{....} ~
  50
  51 \seealso{
  52 %% ~~objects to See Also as \code{\link{help}}, ~~~
  53 }
  54 \examples{
  55 ##---- Should be DIRECTLY executable !! ----
  56 ##-- ==>  Define data, use random,
  57 ##--    or do  help(data=index)  for the standard data sets.
  58
  59 ## The function is currently defined as
  60 function(pvalue, PP=NULL, TrueNames, TopNum){
  61         NumOfMethods=ncol(pvalue)
  62         puse=pvalue
  63         if(1\%in\%PP)puse[,PP==1]=1-pvalue[,PP==1]
  64         #puse.list=data.frame(puse)
  65         FD=matrix(rep(0,NumOfMethods*TopNum),ncol=NumOfMethods)
  66 #       Rank=apply(puse,2,rank)
  67 #       for(i in 1:TopNum)
  68 #               FD[i,]=sapply(1:NumOfMethods, function(j)sum(!rownames(Rank)[Rank[,j]<=i]\%in\%TrueNames))
  69 #       FD=sapply(1:TopNum, function(i)sapply(1:NumOfMethods, function(j)sum(!rownames(Rank)[Rank[,j]<=i]\%in\%TrueNames)))
  70         for (s in 1:NumOfMethods){
  71                 tmp=puse[,s]
  72                 names(tmp)=rownames(puse)
  73                 sorttmp=sort(tmp)
  74                 for( c in 2:TopNum)
  75                         FD[c, s]=FD[(c-1),s]+as.numeric(!names(sorttmp)[c]\%in\%TrueNames)
  76         }
  77         FD
  78         #matplot(TopNum,FD,type="l",ylim=c(0,1),xlab="Top DE selected", ylab="FDR")
  79         #legend("rightbottom",col=1:TopNum, lty=1:TopNum, names)
  80         }
  81 }
  82 % Add one or more standard keywords, see file 'KEYWORDS' in the
  83 % R documentation directory.
  84 \keyword{ ~kwd1 }
  85 \keyword{ ~kwd2 }% __ONLY ONE__ keyword per line