EBSeq/man/TPFDRplot.Rd

   1 \name{TPFDRplot}
   2 \alias{TPFDRplot}
   3 %- Also NEED an '\alias' for EACH other topic documented here.
   4 \title{
   5 Plot the number of top counts vs FDR for each method in simulation data
   6 }
   7 \description{
   8 %%  ~~ A concise (1-5 lines) description of what the function does. ~~
   9 }
  10 \usage{
  11 TPFDRplot(DESeqP, EBZ, TrueDE, main, FDR = NULL)
  12 }
  13 %- maybe also 'usage' for other objects documented here.
  14 \arguments{
  15   \item{DESeqP}{
  16 %%     ~~Describe \code{DESeqP} here~~
  17 }
  18   \item{EBZ}{
  19 %%     ~~Describe \code{EBZ} here~~
  20 }
  21   \item{TrueDE}{
  22 %%     ~~Describe \code{TrueDE} here~~
  23 }
  24   \item{main}{
  25 %%     ~~Describe \code{main} here~~
  26 }
  27   \item{FDR}{
  28 %%     ~~Describe \code{FDR} here~~
  29 }
  30 }
  31 \details{
  32 %%  ~~ If necessary, more details than the description above ~~
  33 }
  34 \value{
  35 %%  ~Describe the value returned
  36 %%  If it is a LIST, use
  37 %%  \item{comp1 }{Description of 'comp1'}
  38 %%  \item{comp2 }{Description of 'comp2'}
  39 %% ...
  40 }
  41 \references{
  42 %% ~put references to the literature/web site here ~
  43 }
  44 \author{
  45 %%  ~~who you are~~
  46 }
  47 \note{
  48 %%  ~~further notes~~
  49 }
  50
  51 %% ~Make other sections like Warning with \section{Warning }{....} ~
  52
  53 \seealso{
  54 %% ~~objects to See Also as \code{\link{help}}, ~~~
  55 }
  56 \examples{
  57 ##---- Should be DIRECTLY executable !! ----
  58 ##-- ==>  Define data, use random,
  59 ##--    or do  help(data=index)  for the standard data sets.
  60
  61 ## The function is currently defined as
  62 function(DESeqP, EBZ, TrueDE, main, FDR=NULL){
  63         Seq=seq(0.001,0.5,by=0.001)
  64         DETPR=rep(0,length(Seq))
  65         EBTPR=rep(0,length(Seq))
  66         DEFDR=rep(0,length(Seq))
  67         EBFDR=rep(0,length(Seq))
  68         DETPNum=rep(0,length(Seq))
  69     EBTPNum=rep(0,length(Seq))
  70     DEFDNum=rep(0,length(Seq))
  71     EBFDNum=rep(0,length(Seq))
  72         for (i in 1:length(Seq)){
  73                 DESeqOnes=names(DESeqP)[DESeqP<=Seq[i]]
  74                 if (length(FDR)==0) EBOnes=names(EBZ)[EBZ>=crit.fun(1-EBZ, Seq[i])]
  75                 else if (FDR=="H") EBOnes=names(EBZ)[EBZ>=(1-Seq[i])]
  76                         else EBOnes=names(EBZ)[EBZ>=FDR[i]]
  77
  78                 DETPNum[i]=sum(DESeqOnes\%in\%TrueDE)
  79                 EBTPNum[i]=sum(EBOnes\%in\%TrueDE)
  80                 DEFDNum[i]=sum(!DESeqOnes\%in\%TrueDE)
  81                 EBFDNum[i]=sum(!EBOnes\%in\%TrueDE)
  82
  83                 DETPR[i]=DETPNum[i]/length(TrueDE)
  84                 EBTPR[i]=EBTPNum[i]/length(TrueDE)
  85                 DEFDR[i]=DEFDNum[i]/length(TrueDE)
  86                 EBFDR[i]=EBFDNum[i]/length(TrueDE)
  87         }
  88         plot(Seq,DETPR,ylim=c(0,1),xlim=c(0,.5),type="l",col="red", main=paste(main, "TPR"),xlab="controled FDR level", ylab="TPR",lwd=2)
  89         lines(Seq,EBTPR,col="blue",lwd=2)
  90         legend("bottomright",lwd=2, col=c("red","blue"), c("DESeq","EBSeq"))
  91
  92         plot(Seq,DEFDR,ylim=c(0,1),xlim=c(0,.5),type="l",col="red", main=paste(main, "FDR"),xlab="controled FDR level", ylab="TPR",lwd=2)
  93         lines(Seq,EBFDR,col="blue",lwd=2)
  94         legend("topleft", lwd=2, col=c("red","blue"), c("DESeq","EBSeq"))
  95
  96
  97         output=cbind( DETPR,EBTPR, DEFDR,EBFDR,DETPNum,EBTPNum,DEFDNum,EBFDNum)
  98   }
  99 }
 100 % Add one or more standard keywords, see file 'KEYWORDS' in the
 101 % R documentation directory.
 102 \keyword{ ~kwd1 }
 103 \keyword{ ~kwd2 }% __ONLY ONE__ keyword per line