EBSeq/man/RankNorm.Rd

   1 \name{RankNorm}
   2 \alias{RankNorm}
   3 \title{
   4 Rank Normalization
   5 }
   6 \description{
   7 }
   8 \usage{
   9 RankNorm(Data)
  10 }
  11 \arguments{
  12
  13   \item{Data}{
  14 The data matrix with transcripts in rows and lanes in columns.
  15 }
  16 }
  17 \details{
  18 %%  ~~ If necessary, more details than the description above ~~
  19 }
  20 \value{
  21 The function will return a matrix contains the normalization factor for each lane and each transcript.
  22 % ...
  23 }
  24 \references{
  25 }
  26 \author{
  27 Ning Leng
  28 }
  29 \note{
  30 %%  ~~further notes~~
  31 }
  32
  33 %% ~Make other sections like Warning with \section{Warning }{....} ~
  34
  35 \seealso{
  36 %% ~~objects to See Also as \code{\link{help}}, ~~~
  37 }
  38 \examples{
  39 GeneGenerate=GeneSimu(DVDconstant=4, DVDqt1=NULL, DVDqt2=NULL, Conditions=rep(c(1,2),each=5), NumofSample=10, NumofGene=10000, DEGeneProp=.1, Phiconstant=NULL, Phi.qt1=.25, Phi.qt2=.75, Meanconstant=NULL, OnlyData="Y")
  40 GeneData=GeneGenerate$data
  41
  42 Sizes=RankNorm(GeneData)
  43 # Run EBSeq
  44 EBres=EBTest(Data=GeneData, NgVector=rep(1,10^4), Vect5End=rep(1,10^4), Vect3End=rep(1,10^4), Conditions=as.factor(rep(c(1,2),each=5)), sizeFactors=Sizes,maxround=5)
  45
  46 }
  47 % Add one or more standard keywords, see file 'KEYWORDS' in the
  48 % R documentation directory.
  49 \keyword{ ~kwd1 }
  50 \keyword{ ~kwd2 }% __ONLY ONE__ keyword per line