EBSeq/man/QuantileNorm.Rd

   1 \name{QuantileNorm}
   2 \alias{QuantileNorm}
   3 \title{
   4 Quantile Normalization
   5 }
   6 \description{
   7 The Quantile normalization
   8 }
   9 \usage{
  10 QuantileNorm(Data, Quantile)
  11 }
  12 \arguments{
  13
  14   \item{Data}{
  15 The data matrix with transcripts in rows and lanes in columns.
  16 }
  17 \item{Quantile}{
  18 The quantile the user wishs to use. Should be a number between 0 and 1.
  19 }
  20 }
  21 \details{
  22 %%  ~~ If necessary, more details than the description above ~~
  23 Use a quantile point to normalize the data.
  24 }
  25 \value{
  26 The function will return a vector contains the normalization factor for each lane.
  27 % ...
  28 }
  29 \references{}
  30 \author{
  31 Ning Leng
  32 }
  33 \note{
  34 %%  ~~further notes~~
  35 }
  36
  37 %% ~Make other sections like Warning with \section{Warning }{....} ~
  38
  39 \seealso{
  40 %% ~~objects to See Also as \code{\link{help}}, ~~~
  41 }
  42 \examples{
  43 GeneGenerate=GeneSimu(DVDconstant=4, DVDqt1=NULL, DVDqt2=NULL, Conditions=rep(c(1,2),each=5), NumofSample=10, NumofGene=10000, DEGeneProp=.1, Phiconstant=NULL, Phi.qt1=.25, Phi.qt2=.75, Meanconstant=NULL, OnlyData="Y")
  44 GeneData=GeneGenerate$data
  45
  46 Sizes=QuantileNorm(GeneData)
  47 # Run EBSeq
  48 EBres=EBTest(Data=GeneData, NgVector=rep(1,10^4), Vect5End=rep(1,10^4), Vect3End=rep(1,10^4), Conditions=as.factor(rep(c(1,2),each=5)), sizeFactors=Sizes,maxround=5)
  49
  50 }
  51 % Add one or more standard keywords, see file 'KEYWORDS' in the
  52 % R documentation directory.
  53 \keyword{ ~kwd1 }
  54 \keyword{ ~kwd2 }% __ONLY ONE__ keyword per line