EBSeq/man/QQP.Rd

   1 \name{QQP}
   2 \alias{QQP}
   3 %- Also NEED an '\alias' for EACH other topic documented here.
   4 \title{
   5 The QQ Plot of empirical q's and simulated q's from fitted beta distribution
   6 }
   7 \description{
   8
   9 }
  10 \usage{
  11 QQP(QList, AlphaResult, BetaResult, name, AList="F", GroupName)
  12 }
  13 %- maybe also 'usage' for other objects documented here.
  14 \arguments{
  15   \item{QList}{
  16 The estimated q's from the output of NBBetaEB.bias.uniqueP_PoolVarSpeedUp_MDFPoi. Input could be a vector or a list of different groups of transcripts. The number of lists here should be the same as the length of BetaResult.
  17
  18 }
  19   \item{AlphaResult}{
  20 The fitted parameter alpha from the output of NBBetaEB.bias.uniqueP_PoolVarSpeedUp_MDFPoi. Input should be a number if AList is not defined.
  21 }
  22   \item{BetaResult}{
  23 The fitted parameter beta from the output of NBBetaEB.bias.uniqueP_PoolVarSpeedUp_MDFPoi. Input could be one single number or a vector of several numbers. The length of the input should be the same as the number of lists of QList.
  24 }
  25   \item{name}{
  26 The name of the plots
  27 }
  28   \item{AList}{
  29 Whether a list of alpha's are used
  30 }
  31   \item{GroupName}{
  32 The names of each sub plot. The l
  33 ength of the input should be the same as the number of lists of QList.
  34 }
  35 }
  36 \details{
  37 %%  ~~ If necessary, more details than the description above ~~
  38 }
  39 \value{
  40 %%  ~Describe the value returned
  41 %%  If it is a LIST, use
  42 %%  \item{comp1 }{Description of 'comp1'}
  43 %%  \item{comp2 }{Description of 'comp2'}
  44 %% ...
  45 }
  46 \references{
  47 %% ~put references to the literature/web site here ~
  48 }
  49 \author{
  50 Ning Leng
  51 }
  52 \note{
  53 %%  ~~further notes~~
  54 }
  55
  56 %% ~Make other sections like Warning with \section{Warning }{....} ~
  57
  58 \seealso{
  59  NBBetaEB.bias.uniqueP_PoolVarSpeedUp_MDFPoi , DenNHist
  60 }
  61 \examples{
  62 GeneData=GeneSimu(DVDconstant=4, DVDqt1=NULL, DVDqt2=NULL, Conditions=rep(c(1,2),each=5), NumofSample=10, NumofGene=10000, DEGeneProp=.1, Phiconstant=NULL, Phi.qt1=.25, Phi.qt2=.75, Meanconstant=NULL, OnlyData="Y")
  63
  64 EBres=NBBetaEB.bias.uniqueP_PoolVarSpeedUp_MDFPoi(Data=GeneData, NgVector=rep(1,10^4), Vect5End=rep(1,10^4), Vect3End=rep(1,10^4), Conditions=as.factor(rep(c(1,2),each=5)), maxround=5)
  65
  66 QQP(QList=EBres$QList1, AlphaResult=EBres[[1]][5,1], BetaResult=EBres[[2]][5,1], name="Gene", AList="F", GroupName=NULL)
  67
  68 ## The function is currently defined as
  69 function(QList,AlphaResult,BetaResult,name,AList="F",GroupName){
  70                     for (i in 1:length(BetaResult)){
  71                                 tmpSize=length(QList[[i]][QList[[i]]<1])
  72                         if (AList=="F") rdpts=rbeta(tmpSize,AlphaResult,BetaResult[i])
  73                                 else rdpts=rbeta(tmpSize,AlphaResult[i],BetaResult[i])
  74         qqplot(QList[[i]][QList[[i]]<1], rdpts, xlab="estimated q's", "simulated q's from fitted beta distribution",main=paste(names(name,GroupName[i],sep=" "),xlim=c(0,1),ylim=c(0,1))
  75                         }
  76   }
  77 }
  78 % Add one or more standard keywords, see file 'KEYWORDS' in the
  79 % R documentation directory.
  80 \keyword{ ~kwd1 }
  81 \keyword{ ~kwd2 }% __ONLY ONE__ keyword per line