EBSeq/man/PoolMatrix.Rd

   1 \name{PoolMatrix}
   2 \alias{PoolMatrix}
   3 %- Also NEED an '\alias' for EACH other topic documented here.
   4 \title{
   5 Generate the expression matrix from the output of GetData
   6 }
   7 \description{
   8 %%  ~~ A concise (1-5 lines) description of what the function does. ~~
   9 }
  10 \usage{
  11 PoolMatrix(Data, reads, type)
  12 }
  13 %- maybe also 'usage' for other objects documented here.
  14 \arguments{
  15   \item{Data}{
  16 The output from GetData function.
  17 }
  18   \item{reads}{
  19 The total number of reads in each lane. Could be obtained from the RSEM outputs.
  20 }
  21   \item{type}{
  22 If type="S", the outputs will be the a matrix which transcript names in row and sample names in column.
  23 If type="G", the first column will be the group information.
  24
  25 }
  26 }
  27 \details{
  28 %%  ~~ If necessary, more details than the description above ~~
  29 }
  30 \value{
  31 \item{PoolM}{The matrix of nu values}
  32 \item{PoolValue}{The matrix of expression values}
  33 }
  34 \references{
  35 %% ~put references to the literature/web site here ~
  36 }
  37 \author{
  38 Ning Leng
  39 }
  40 \note{
  41 %%  ~~further notes~~
  42 }
  43
  44 %% ~Make other sections like Warning with \section{Warning }{....} ~
  45
  46 \seealso{
  47 GetData
  48 }
  49 \examples{
  50 ##---- Should be DIRECTLY executable !! ----
  51 ##-- ==>  Define data, use random,
  52 ##--    or do  help(data=index)  for the standard data sets.
  53
  54 ## The function is currently defined as
  55 function(Data,reads,type)
  56 {
  57 poolnames=names(Data)
  58 poolM=NULL
  59 for (po in 1:8)
  60         poolM=cbind(poolM,Data[[po]][,1])
  61 rownames(poolM)=rownames(Data[[1]])
  62 colnames(poolM)=poolnames
  63
  64 #poolValue=poolM*reads
  65 poolValue=poolM
  66 for (col in 1:8)
  67         poolValue[,col]=poolM[,col]*reads[col]
  68 poolValue=round(poolValue)
  69 if (type=="G")
  70         {
  71                 poolM=cbind(Data[[1]][,2],poolM)
  72                 poolValue=cbind(Data[[1]][,2],poolValue)
  73                 colnames(poolM)=c("Groups",poolnames)
  74                 colnames(poolValue)=c("Groups",poolnames)
  75         }
  76 poolOutput=list(poolM=poolM,poolValue=poolValue)
  77   }
  78 }
  79 % Add one or more standard keywords, see file 'KEYWORDS' in the
  80 % R documentation directory.
  81 \keyword{ ~kwd1 }
  82 \keyword{ ~kwd2 }% __ONLY ONE__ keyword per line