EBSeq/man/MergeIso.Rd

   1 \name{MergeIso}
   2 \alias{MergeIso}
   3 %- Also NEED an '\alias' for EACH other topic documented here.
   4 \title{
   5 Isoforms of gene simulation result
   6 }
   7 \description{
   8 }
   9 \usage{
  10 MergeIso(IsoSIMout, Num, Path = "./")
  11 }
  12 %- maybe also 'usage' for other objects documented here.
  13 \arguments{
  14   \item{IsoSIMout}{
  15 The output of IsoSimu with OnlyData="F".
  16 }
  17   \item{Num}{
  18 How many times the simulation ran.
  19
  20 }
  21   \item{Path}{
  22           The path to store the plots.
  23 }
  24 }
  25 \details{
  26 %%  ~~ If necessary, more details than the description above ~~
  27 }
  28 \value{
  29 3 plots will be generated.
  30 1 FPR vs TPR of each method
  31 2 FDR vs TPR of each method
  32 2 Top counts vs FDR of each method
  33
  34 A table will be generated which contains the FDR and TPR of each method.
  35 Each method will be ran on all the data and within group.
  36 (Using p-value=.05 or Posterior Probability=.95).
  37
  38
  39 }
  40 \references{
  41 %% ~put references to the literature/web site here ~
  42 }
  43 \author{
  44 Ning Leng
  45 }
  46 \note{
  47 %%  ~~further notes~~
  48 }
  49
  50 %% ~Make other sections like Warning with \section{Warning }{....} ~
  51
  52 \seealso{
  53 MergeGene
  54 }
  55 \examples{
  56 IsoGenerate=IsoSimu(DVDconstant=NULL, DVDqt1=.97, DVDqt2=.98, Conditions=as.factor(rep(c(1,2),each=5)), NumofSample=10, NumofIso=NULL, DEIsoProp=.1, Phiconstant=NULL, Phi.qt1=.25, Phi.qt2=.75, OnlyData="F" )
  57
  58 IsoTable=MergeIso(IsoGenerate,1,"./")
  59 }
  60 % Add one or more standard keywords, see file 'KEYWORDS' in the
  61 % R documentation directory.
  62 \keyword{ ~kwd1 }
  63 \keyword{ ~kwd2 }% __ONLY ONE__ keyword per line