EBSeq/man/MergeGene.Rd

   1 \name{MergeGene}
   2 \alias{MergeGene}
   3 %- Also NEED an '\alias' for EACH other topic documented here.
   4 \title{
   5 Plots of gene simulation result
   6 }
   7 \description{
   8 %%  ~~ A concise (1-5 lines) description of what the function does. ~~
   9 }
  10 \usage{
  11 MergeGene(GeneSIMout, Num, Path = "./")
  12 }
  13 %- maybe also 'usage' for other objects documented here.
  14 \arguments{
  15   \item{GeneSIMout}{
  16 The output of GeneSimu with OnlyData="F".
  17 }
  18   \item{Num}{
  19 How many times the simulation ran.
  20 }
  21   \item{Path}{
  22 The path to store the plots
  23 }
  24 }
  25 \details{
  26 %%  ~~ If necessary, more details than the description above ~~
  27 }
  28 \value{
  29 3 plots will be generated.
  30 1 FPR vs TPR of each method
  31 2 FDR vs TPR of each method
  32 2 Top counts vs FDR of each method
  33
  34 A table will be generated which contains the FDR and TPR of each method.
  35 (Using p-value=.05 or Posterior Probability=.95).
  36
  37 }
  38 \references{
  39 %% ~put references to the literature/web site here ~
  40 }
  41 \author{
  42 Ning Leng
  43 }
  44 \note{
  45 %%  ~~further notes~~
  46 }
  47
  48 %% ~Make other sections like Warning with \section{Warning }{....} ~
  49
  50 \seealso{
  51 IsoMerge
  52 }
  53 \examples{
  54 GeneGenerate=GeneSimu(DVDconstant=4, DVDqt1=NULL, DVDqt2=NULL, Conditions=rep(c(1,2),each=5), NumofSample=10, NumofGene=10000, DEGeneProp=.1, Phiconstant=NULL, Phi.qt1=.25, Phi.qt2=.75, Meanconstant=NULL, OnlyData="F")
  55
  56 GeneTable=MergeGene(GeneGenerate,1,"./")
  57 }
  58 % Add one or more standard keywords, see file 'KEYWORDS' in the
  59 % R documentation directory.
  60 \keyword{ ~kwd1 }
  61 \keyword{ ~kwd2 }% __ONLY ONE__ keyword per line