EBSeq/man/MedianNorm.Rd

   1 \name{MedianNorm}
   2 \alias{MedianNorm}
   3 \title{
   4 Median Normalization
   5 }
   6 \description{
   7 The median normalization from Anders et. al.2010
   8 }
   9 \usage{
  10 MedianNorm(Data)
  11 }
  12 \arguments{
  13
  14   \item{Data}{
  15 The data matrix with transcripts in rows and lanes in columns.
  16 }
  17 }
  18 \details{
  19 %%  ~~ If necessary, more details than the description above ~~
  20 }
  21 \value{
  22 The function will return a vector contains the normalization factor for each lane.
  23 % ...
  24 }
  25 \references{
  26 Simon Anders and Wolfgang Huber: Differential expression analysis for sequence count data
  27 Genome Biology (2010) 11:R106 (open access)
  28 }
  29 \author{
  30 Ning Leng
  31 }
  32 \note{
  33 %%  ~~further notes~~
  34 }
  35
  36 %% ~Make other sections like Warning with \section{Warning }{....} ~
  37
  38 \seealso{
  39 %% ~~objects to See Also as \code{\link{help}}, ~~~
  40 }
  41 \examples{
  42 GeneGenerate=GeneSimu(DVDconstant=4, DVDqt1=NULL, DVDqt2=NULL, Conditions=rep(c(1,2),each=5), NumofSample=10, NumofGene=10000, DEGeneProp=.1, Phiconstant=NULL, Phi.qt1=.25, Phi.qt2=.75, Meanconstant=NULL, OnlyData="Y")
  43 GeneData=GeneGenerate$data
  44
  45 Sizes=MedianNorm(GeneData)
  46 # Run EBSeq
  47 EBres=EBTest(Data=GeneData, NgVector=rep(1,10^4), Vect5End=rep(1,10^4), Vect3End=rep(1,10^4), Conditions=as.factor(rep(c(1,2),each=5)), sizeFactors=Sizes,maxround=5)
  48
  49 }
  50 % Add one or more standard keywords, see file 'KEYWORDS' in the
  51 % R documentation directory.
  52 \keyword{ ~kwd1 }
  53 \keyword{ ~kwd2 }% __ONLY ONE__ keyword per line